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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003172

染色体: Chr01 坐标: 50522332-50527980 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003172
名称SmilChr01G003172
描述GDSL esterase/lipase 5-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向50522332 - 50527980 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990572
GeneID130990572
locus_tag-
NCBI NameLOC130990572
原始查询SmilChr01G003172

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述GDSL esterase/lipase 5-like
产物GDSL esterase/lipase 5-like
ArabidopsisAT1G53920 (GLIP5)
GDSL-motif lipase 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841830]
identity=58.7; qcov=0.897; evalue=4.67e-133; confidence=high
RiceOs09g0132900 (OsGELP98)
-
identity=37.4; qcov=0.894; evalue=6.43e-60; confidence=medium
GOGO:0006629 (lipid metabolic process); GO:0016298 (lipase activity)
KEGG-
PfamPF00657 (Lipase_GDSL)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990572

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057770776.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057770776.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770776.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770776.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770776.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:50522651 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A6,A8,B79,D1
Chr1:50522652 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr1:50522858 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B25,B77,B88
Chr1:50522960 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B132,B25,B98
Chr1:50524240 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B106,B73
Chr1:50524272 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 34 A1,A14,A16,B1,B115,B125,B140,B25,B34,B37,B51,B59,B74,B82,B88,B89,B90,B92,B97,B99,C12,C15,C24,C25,C29,C30,C32,C38,C5,C50,C57,C68,D3,D8
Chr1:50524274 CCT C 2bp_deletion frameshift_variant 34 A1,A14,A16,B1,B115,B125,B140,B25,B34,B37,B51,B59,B74,B82,B88,B89,B90,B92,B97,B99,C12,C15,C24,C25,C29,C30,C32,C38,C5,C50,C57,C68,D3,D8
Chr1:50527148 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A6,A8,B2,B79,D1
Chr1:50527164 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,B73
Chr1:50527639 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B84
Chr1:50527639 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr1:50527713 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,B14,C26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770776.1
359 aa
N
1
180
359
Lipase_GDSL
C
PF00657 Lipase_GDSL 27-340 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770776.1 Pfam PF00657 Lipase_GDSL Family 27 340 3.6e-34 119.5 GDSL-like Lipase/Acylhydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914793.1
ATTAATAACCAACTCATATTGCACGTGAAAATGATATCTCCAAGTTCAACGGCCTATATTATTGACTTATTACGAAAAATATATACATAAAAAATAAACTTTACACTAGCTCTACCACTAATTTCTTAAATATTTTTGTTACCATATATACAAAAATATTGACCTTTAGCTGCATCTAAACATGGCGAAGCTAAGTTTCTTCCTCATCTTGATCTCAATTCCTCTCATCACCGGCTGCCGGAAACAGCCGGCGGCGGCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990572
ATGGCGAAGCTAAGTTTCTTCCTCATCTTGATCTCAATTCCTCTCATCACCGGCTGCCGGAAACAGCCGGCGGCGGCGCTCTTCATCTTCGGCGACTCCCTCTTCGACGCCGGAAACAACAACTACATCAACACCACCACTCTCGACCAAGCCAATTTCTGGCCATACGGCGTCTCCTACTTCCACCATCCCACCGGAAGATTCTCCGATGGCCGATTAATCTCCGATTTCATCGCTGAACATGCAAAATTGCCACTGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770776.1
MAKLSFFLILISIPLITGCRKQPAAALFIFGDSLFDAGNNNYINTTTLDQANFWPYGVSYFHHPTGRFSDGRLISDFIAEHAKLPLIPPYLQPRNYRDLQNYHGVNFASAGAGALSQTFQGLVIDLKTQLKYYKREVAELRHNIGGGARISSTAIYLFSIGSNDYMSPFLLNSTLLSSYPHSKYVDMVLGNLSTVVKAIHKKGGRKFVFLNLGELGCFPGLRILKPETDGGCLEEVSELSELHNKKLKDLLVKLDQQLQG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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