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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003304`

染色体: Chr01 坐标: 51731520-51733060 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003304`
名称	SmilChr01G003304
描述	probable pectate lyase 1
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	51731520 - 51733060 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991852`
GeneID	`130991852`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991852`
原始查询	`SmilChr01G003304`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable pectate lyase 1
产物	probable pectate lyase 1
Arabidopsis	`AT5G09280` (AT5G09280) Pectin lyase-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830787] identity=61.7; qcov=0.761; evalue=4.65e-118; confidence=high
Rice	`Os08g0286100` - identity=61.7; qcov=0.84; evalue=1.77e-121; confidence=high
GO	GO:0030570 (pectate lyase activity)
KEGG	smil00040 (Pentose and glucuronate interconversions - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00544 (Pectate_lyase_4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991852

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057772253.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057772253.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057772253.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057772253.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057772253.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:51731598`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	A18,B97,C75
`Chr1:51731598`	`CT`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	3	A18,B97,C75
`Chr1:51731653`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82
`Chr1:51731706`	`CTT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	16	A18,B101,B102,B103,B112,B24,B36,B46,B52,B53,B78,C14,C15,C34,C37,C74
`Chr1:51731710`	`G`	`GCA`	2bp_insertion	frameshift_variant	16	A18,B101,B102,B103,B112,B24,B36,B46,B52,B53,B78,C14,C15,C34,C37,C74
`Chr1:51731714`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C52
`Chr1:51731715`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C37
`Chr1:51731758`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:51731762`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A14,B28,B59,C38,C75
`Chr1:51731800`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C52
`Chr1:51732174`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B108,B119,C17,C23
`Chr1:51732177`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772253.1

326 aa

163

326

Pectate_lyase_4

PF00544 Pectate_lyase_4 124-307 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057772253.1`	Pfam	`PF00544`	Pectate_lyase_4	Repeat	124	307	1.1e-26	94.5	Pectate lyase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057916270.1
ACAAAATCTCGAATAATGGCCTCAAAGGCCATGCAAGGTATCACCTTGTGTTTAATCCGAGTTATTTCAATAGCCACTTTGAATTCGGGCCAGGTCGAGGCCCGAAGAACCATCGACAACATGAACGTTATCGACAAGTGTTGGAGAACGAATCCGGATTGGCGGAGAAACCGCCAGCAACTAGCTTCGTGCGCTGTTGGATTCGCAGGACAAATGATCAATAACATAGGAAGCGACGTGGTAAATTACAAGATAACAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130991852
ATGGCCTCAAAGGCCATGCAAGGTATCACCTTGTGTTTAATCCGAGTTATTTCAATAGCCACTTTGAATTCGGGCCAGGTCGAGGCCCGAAGAACCATCGACAACATGAACGTTATCGACAAGTGTTGGAGAACGAATCCGGATTGGCGGAGAAACCGCCAGCAACTAGCTTCGTGCGCTGTTGGATTCGCAGGACAAATGATCAATAACATAGGAAGCGACGTGGTAAATTACAAGATAACAGATCCTAGCGATGACCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057772253.1
MASKAMQGITLCLIRVISIAIXLNSGQVEARRTIDNMNVIDKCWRTNPDWRRNRQQLASCAVGFAGQMINNIGSDVVNYKITDPSDDPLNPRPGTLRHAMTSIQGKAWITFKRHMNITLAKPLLVSSFTTIDGRGANAHIANGGCLLIKKATNVIVHGLYIHDCKPQEPGPVKAPGGEIMHLGPTDGDAIRVVSSSRIWIDHNTMYDRCXDGLIDITRGSTDITISNNWFRFQDKVMLLGHDDGFRRDQNMRVTVAFNHF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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