Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003477`

染色体: Chr01 坐标: 53313551-53320360 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003477`
名称	SmilChr01G003477
描述	sterol 3-beta-glucosyltransferase UGT80B1-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	53313551 - 53320360 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992666`
GeneID	`130992666`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992666`
原始查询	`SmilChr01G003477`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	sterol 3-beta-glucosyltransferase UGT80B1-like
产物	sterol 3-beta-glucosyltransferase UGT80B1-like
Arabidopsis	`AT1G43620` (UGT80B1) UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840946] identity=62.3; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0867600` - identity=67.1; qcov=0.981; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005975 (carbohydrate metabolic process); GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity); GO:0016758 (hexosyltransferase activity); GO:0030259 (GO:0030259)
KEGG	-
Pfam	PF00201 (UDPGT); PF03033 (Glyco_transf_28); PF06722 (EryCIII-like_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992666

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Peroxisome	过氧化物酶体	0.60000	`XP_057773391.1`
2	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057773391.1`
3	Chloroplast	叶绿体	0.20000	`XP_057773391.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057773391.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057773391.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:53313619`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A5,B105,B75,C80
`Chr1:53314015`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C48
`Chr1:53314599`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B68,C25
`Chr1:53314642`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B9
`Chr1:53315603`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B115,B19,B33,C40
`Chr1:53315707`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B129
`Chr1:53315744`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B14,B7
`Chr1:53315754`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B14,B7,C28
`Chr1:53319202`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C85
`Chr1:53320152`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C48
`Chr1:53320160`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B73
`Chr1:53320185`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B131,C61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773391.1

430 aa

215

430

Glyco_transf_28

UDPGT

EryCIII-like_C

PF03033 Glyco_transf_28 13-157 aa PF00201 UDPGT 247-404 aa PF06722 EryCIII-like_C 307-409 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057773391.1`	Pfam	`PF03033`	Glyco_transf_28	Family	13	157	1.2e-25	90.9	Glycosyltransferase family 28 N-terminal domain
`XP_057773391.1`	Pfam	`PF00201`	UDPGT	Family	247	404	1.7e-05	24.6	UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase
`XP_057773391.1`	Pfam	`PF06722`	EryCIII-like_C	Domain	307	409	3.2e-11	44.1	Erythromycin biosynthesis protein CIII-like, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057917408.1
GAAAGTGCAAGTCTTTTATTGAGTGAGAGATTGAGGAAATATATACTTAAGTTGTTTGTAGTGATGAGCGACTGCAAAAATAAAATACCAAAGTTGAAGATTGCCCTTCTTGTGGTTGGAACAAGAGGAGATGTTCAGCCTTTTCTGGCTTTGGCCTTGAGACTTCAAGAATATGGGCATTACGTGAGGTTGGCAACTCATTCACAATTCCATGGATTTGTGAAGTCAGTTGGTGTGGATTTCTATCCACTTGGCGGCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992666
ATGAGCGACTGCAAAAATAAAATACCAAAGTTGAAGATTGCCCTTCTTGTGGTTGGAACAAGAGGAGATGTTCAGCCTTTTCTGGCTTTGGCCTTGAGACTTCAAGAATATGGGCATTACGTGAGGTTGGCAACTCATTCACAATTCCATGGATTTGTGAAGTCAGTTGGTGTGGATTTCTATCCACTTGGCGGCGACCCTCGCATCATGGCTGAATGCTTCGTGAGAGCTAGAAGTATTCTTTTGCCCCGACCCGGAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057773391.1
MSDCKNKIPKLKIALLVVGTRGDVQPFLALALRLQEYGHYVRLATHSQFHGFVKSVGVDFYPLGGDPRIMAECFVRARSILLPRPGDMALQRKQLKAIIESLLPACTQPDPVSGEPFRAQAIIANPPAFGSKDIAEALDVPLHIMFTVPWTPTRAFPHPFTQRAGRLSYALADLMIWLGIRGFINEVRTNKLNLGPIGYFNSGHVSISQLPTSYMWSPHVLPKPNDWGPLVDVVGYCFLNLGTKYEPSQDFVDWIQKGSK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器