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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003556`

染色体: Chr01 坐标: 54185514-54188115 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003556`
名称	SmilChr01G003556
描述	violaxanthin de-epoxidase, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	54185514 - 54188115 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993918`
GeneID	`130993918`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993918`
原始查询	`SmilChr01G003556`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	violaxanthin de-epoxidase, chloroplastic
产物	violaxanthin de-epoxidase%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT2G21860` (AT2G21860) violaxanthin de-epoxidase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816722] identity=68.7; qcov=0.991; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0716400` - identity=64.5; qcov=0.972; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0010028 (xanthophyll cycle); GO:0046422 (violaxanthin de-epoxidase activity)
KEGG	-
Pfam	PF07137 (VDE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993918

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057774938.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057774938.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057774942.1`
4	Mitochondrion	线粒体	0.40000	`XP_057774942.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057774938.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:54185859`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B105,B75
`Chr1:54186021`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A20,B106,C20,C72
`Chr1:54186074`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B105,B75
`Chr1:54186092`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B49
`Chr1:54186092`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B49
`Chr1:54186111`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C24
`Chr1:54186111`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C24
`Chr1:54186133`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A5,B123,B21,C61,C78
`Chr1:54186168`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C79
`Chr1:54186215`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:54186231`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A10,C58,D11
`Chr1:54186315`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B112

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774938.1

540 aa

270

540

VDE

PF07137 VDE 258-499 aa

XP_057774942.1

426 aa

213

426

VDE

PF07137 VDE 144-386 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057774938.1`	Pfam	`PF07137`	VDE	Domain	258	499	3.2e-26	93.0	VDE lipocalin domain
`XP_057774942.1`	Pfam	`PF07137`	VDE	Domain	144	386	1.8e-26	93.7	VDE lipocalin domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057918955.1
AAGCTGAGATGTTTCCTGAATCTCCAATTTCCAGTAGTTTCCGAGCTACCTAACCTAACCAAATTTTCTCAAACTCAGAAAAATCGATTCATTTCCACACCTGCACTACGATGACTAGTCTCAGCAACTGCGCGCCGCCGCCGCCGTCCTTCCTCCGCCGCACAACGGCCGGTTTCCACCCCAACCGCCGTTTCTTCTTCAGTGCCAACTCCCGCGAATTCTCCTGGTCAGCGGGCTATTCTCCACATCGCCGCCGCTCA...

XM_057918959.1
AGCTTTGTCATGTTAGGCTCGACTTAGAAGATGTTGACGAGATTCAAACTTATGACTTAAGCCGCCCCAACGAGGCAGCCTTCTCCTTTTAGGGAACTGTGAAAAGCCAAGAGATTGAAATGGGTTGATGAAGGGTACGAAATGGTGGTGTATGATGACAATGCTTGTCAAGGTGAGAATGCGATCACGGAGCCGCTTCATCGCGACGTGAGGCAAGCAAACATCTTGTTGGTTGTTGCTGTTACTGATCAAGAATCCAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130993918
ATGACTAGTCTCAGCAACTGCGCGCCGCCGCCGCCGTCCTTCCTCCGCCGCACAACGGCCGGTTTCCACCCCAACCGCCGTTTCTTCTTCAGTGCCAACTCCCGCGAATTCTCCTGGTCAGCGGGCTATTCTCCACATCGCCGCCGCTCATCGTATTGCTGCAGTAGCTCCGTGAAGGATACGACGGAAAATGGTGCTGCGGCGGCGGAGGGGAGTGAAATTCCGGTTAGAATAGTGGCTGTCGTCGGAGAGGGTAGCGT...

LOC130993918
ATGGTGGTGTATGATGACAATGCTTGTCAAGGTGAGAATGCGATCACGGAGCCGCTTCATCGCGACGTGAGGCAAGCAAACATCTTGTTGGTTGTTGCTGTTACTGATCAAGAATCCATCAGATGGATTCAGTCCAACAGTCAAGACGTTGCGAATATCATATGTTTCGACTCCTCTCCATCTCTAACGAACAAATTAGGCGGATCCCTCGTGCAGACCAGAGCTGCAGGGAGTATCTTTGGTAACATCATCACGTTGCC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057774938.1
MTSLSNCAPPPPSFLRRTTAGFHPNRRFFFSANSREFSWSAGYSPHRRRSSYCCSSSVKDTTENGAAAAEGSEIPVRIVAVVGEGSVSPLKSASWYDVMLHTAKRLKWVDEGYEMVVYDDNACQGENAITEPLHRDVRQANILLVVAVTDQESIRWIQSNSQDVANIICFDSSPSLTNKLGGSLVQTRAAGSIFGNIITLPQPKKVKESEEVAKSVNEAWSRHNSDDIRFCLLVVVNAFIKPVPVLKNLRAKGFSTLSCM...

XP_057774942.1
MVVYDDNACQGENAITEPLHRDVRQANILLVVAVTDQESIRWIQSNSQDVANIICFDSSPSLTNKLGGSLVQTRAAGSIFGNIITLPQPKKVKESEEVAKSVNEAWSRHNSDDIRFCLLVVVNAFIKPVPVLKNLRAKGFSTLSCMVKNCGPQILNCLLDENCRKALQCLNRCSPVDQVCNYKCIASYESRELEEFSLCVLQKHNCLELDARIPEKPVVFPMVQFRGEELDHETAEDLFVGWLGRLEWSWRVVAGQNPAY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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