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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003763`

染色体: Chr01 坐标: 56023758-56025473 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003763`
名称	SmilChr01G003763
描述	polygalacturonase-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	56023758 - 56025473 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130996318`
GeneID	`130996318`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130996318`
原始查询	`SmilChr01G003763`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	polygalacturonase-like
产物	polygalacturonase-like
Arabidopsis	`AT2G43880` (AT2G43880) Pectin lyase-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818992] identity=59.8; qcov=0.946; evalue=2.92e-165; confidence=high
Rice	`Os01g0623600` (OsPGL32) - identity=48.9; qcov=0.961; evalue=5.47e-129; confidence=high
GO	GO:0004650 (polygalacturonase activity); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process)
KEGG	smil00040 (Pentose and glucuronate interconversions - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00295 (Glyco_hydro_28); PF12708 (Pect-lyase_RHGA_epim)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130996318

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	0.80000	`XP_057777791.1`
2	Cell wall	细胞壁	0.60000	`XP_057777791.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057777791.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057777791.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057777791.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:56023993`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B128
`Chr1:56023993`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B128
`Chr1:56024051`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A19,B137,C3,C35,C48
`Chr1:56024063`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C26
`Chr1:56024072`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr1:56024145`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A22
`Chr1:56024223`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr1:56024258`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B30,B57
`Chr1:56024348`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B35,C21
`Chr1:56024375`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B5
`Chr1:56024527`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B97,C38,C73
`Chr1:56024570`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A11,A18,B100,B109,C79

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777791.1

389 aa

194

389

Pect-lyase_RHGA_epim

Glyco_hydro_28

PF12708 Pect-lyase_RHGA_epim 24-274 aa PF00295 Glyco_hydro_28 51-362 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057777791.1`	Pfam	`PF12708`	Pect-lyase_RHGA_epim	Repeat	24	274	5.5e-14	53.2	Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like
`XP_057777791.1`	Pfam	`PF00295`	Glyco_hydro_28	Repeat	51	362	6.3e-86	289.1	Glycosyl hydrolases family 28

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057921808.1
ACATAATCCGACTTAATTCACTTCCCTAGCTAACTGTTCCAAAAAATTAAATTTCCCAGCATGCCTAAGTCGGAAGCATGTACACTGTTACTTGCCCTCCTCACCATACAACTCTTCCCTTCCCTAGCCTACAACGTGGTCTCCTTCGGCGCTAGAGGCGACGGCCGAACCGACTCGACCGCGGCCTTCCTCCGCACGTGGAAGGCCGCGTGCAGCTCCGCCACGCCGGCTTCCGTGTCGGTGCCGAGGGGCAAGTACTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130996318
ATGCCTAAGTCGGAAGCATGTACACTGTTACTTGCCCTCCTCACCATACAACTCTTCCCTTCCCTAGCCTACAACGTGGTCTCCTTCGGCGCTAGAGGCGACGGCCGAACCGACTCGACCGCGGCCTTCCTCCGCACGTGGAAGGCCGCGTGCAGCTCCGCCACGCCGGCTTCCGTGTCGGTGCCGAGGGGCAAGTACTTGCTCAAATCTATCTGGTTCACTGGGCCTTGCAGAAGCAGAATCAACTTCGAAATGAGCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057777791.1
MPKSEACTLLLALLTIQLFPSLAYNVVSFGARGDGRTDSTAAFLRTWKAACSSATPASVSVPRGKYLLKSIWFTGPCRSRINFEMSGTIVAPDNYNIIGNSEFWILFYKVSRLTVVGGTVDAKGHAFWSCRLRNGRCPAGARSITFQWCSNVVVRGLSSLNSQTIHIAINHSNNIKIQNVKITAPSGSPNTDGIHIQSSRGVTVTGSTIRTGDDCISIGPGSMNLWIEQIGCGPGHGISIGSLGNFAIEEGVQNVTVTNS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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