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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003780

染色体: Chr01 坐标: 56192170-56195736 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003780
名称SmilChr01G003780
描述BTB/POZ and TAZ domain-containing protein 3-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向56192170 - 56195736 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996227
GeneID130996227
locus_tag-
NCBI NameLOC130996227
原始查询SmilChr01G003780

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述BTB/POZ and TAZ domain-containing protein 3-like
产物BTB/POZ and TAZ domain-containing protein 3-like
ArabidopsisAT5G67480 (BT4)
BTB and TAZ domain protein 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836884]
identity=52.1; qcov=0.888; evalue=5.09e-129; confidence=high
RiceOs01g0893400
-
identity=50.7; qcov=1.01; evalue=1.72e-142; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00651 (BTB); PF02135 (zf-TAZ)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996227

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057777722.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057777722.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057777722.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777722.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777722.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:56193647 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr1:56193691 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,C61
Chr1:56193985 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B5
Chr1:56194125 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B20,B83,B85,C59
Chr1:56195263 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B98
Chr1:56195275 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B98
Chr1:56195351 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 2 B98,C50
Chr1:56195351 G GT 1bp_insertion CDS_variant 2 B98,C50
Chr1:56195354 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B98,C50,D6
Chr1:56195458 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B19,B91,C50
Chr1:56195463 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B19,B91,C12,C50
Chr1:56195483 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B19,B91,C12,C50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777722.1
402 aa
N
1
201
402
BTB
zf-TAZ
C
PF00651 BTB 89-189 aa PF02135 zf-TAZ 275-360 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777722.1 Pfam PF00651 BTB Domain 89 189 3.8e-10 40.6 BTB/POZ domain
XP_057777722.1 Pfam PF02135 zf-TAZ Family 275 360 5.2e-10 40.3 TAZ zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921739.1
ACAAAACCTTCTCTTTCTGCAATTACAGTTCACAAATATTGTGTTTATCTCCGCAGCCACCTTTTTCCATTTCTTTTCCCTTGCTTTTATCTACAAAAAGCTGCATATAGTCATCGTATTTTCATATTCTGACGAGGAGATAAATAACTCGCGACTCTGTTTCAGGAGGTAAACGATAGAGGTTCATGGAGTCTTCGGCTGTTGAGATTTCGTGGCCGTCCTCTACTGTTGAGTCATTTGAGCCATCTTTCGATATACGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130996227
ATGGAGTCTTCGGCTGTTGAGATTTCGTGGCCGTCCTCTACTGTTGAGTCATTTGAGCCATCTTTCGATATACGGATAGATGAAGGGAATTCGTCGGATACTTTAGATTTCCCTGAGAGTACAAAGTCTCCAGCATGTGCCCGTCAAGATATCCCAAAACCTCCTCCACTTCCTAGGAGAAGATTGAATAGAGCACCTGCAGCATCTTGTGCTGTTCCACGAGAAACAAAAGATCTATGGGAGAAGCTCTTCATAGAGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777722.1
MESSAVEISWPSSTVESFEPSFDIRIDEGNSSDTLDFPESTKSPACARQDIPKPPPLPRRRLNRAPAASCAVPRETKDLWEKLFIEGYGADVHIVTDDGSKIAAHHSILSIASPVLGNFLVQMQIKNHVRLRAIRIPGPSDAVRAFIRFLYSSCYDEEVMQKFVLHLLVLSHTYAVPSLXRVCEYTLEQGWLTKENVVDVLKLSRSCDAPRLSMVCLRMVVRDFKCISATEAWKVMRHADPALEQELLESVIEEDSRRQE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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