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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003910`

染色体: Chr01 坐标: 57374861-57380289 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003910`
名称	SmilChr01G003910
描述	probable E3 ubiquitin-protein ligase ARI8
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	57374861 - 57380289 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997881`
GeneID	`130997881`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997881`
原始查询	`SmilChr01G003910`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable E3 ubiquitin-protein ligase ARI8
产物	probable E3 ubiquitin-protein ligase ARI8
Arabidopsis	`AT1G65430` (ARI8) IBR domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842854] identity=74.5; qcov=0.859; evalue=1.94e-176; confidence=high
Rice	`Os04g0492100` - identity=78.2; qcov=0.868; evalue=3.32e-177; confidence=high
GO	GO:0000151 (ubiquitin ligase complex); GO:0000209 (protein polyubiquitination); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006511 (ubiquitin-dependent protein catabolic process); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0031624 (ubiquitin conjugating enzyme binding); GO:0032436 (positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process); GO:0061630 (ubiquitin protein ligase activity)
KEGG	-
Pfam	PF01485 (IBR); PF19422 (Ariadne); PF22191 (IBR_1); PF22605 (IBR_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997881

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057779300.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057779300.1`
3	Lipid droplet	脂滴	0.20000	`XP_057779300.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057779300.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779300.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:57375145`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B2,C55
`Chr1:57375800`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B2,B20,C31
`Chr1:57379751`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B90
`Chr1:57379820`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C21
`Chr1:57379829`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779300.1

370 aa

185

370

IBR

IBR_1

IBR_2

Ariadne

PF01485 IBR 68-115 aa PF22191 IBR_1 73-113 aa PF22605 IBR_2 74-113 aa PF19422 Ariadne 152-303 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779300.1`	Pfam	`PF01485`	IBR	Domain	68	115	9.1e-08	32.8	IBR domain, a half RING-finger domain
`XP_057779300.1`	Pfam	`PF22191`	IBR_1	Domain	73	113	2.6e-15	56.8	IBR domain
`XP_057779300.1`	Pfam	`PF22605`	IBR_2	Domain	74	113	1.3e-13	51.6	IBR domain
`XP_057779300.1`	Pfam	`PF19422`	Ariadne	Domain	152	303	7e-06	26.8	Ariadne domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923317.1
GTCAGTTTTTCTCTTATGTTCCCCTACAGATTAAGTGGTGCCCTGCTCCTGGTTGTGATTCAGCTGTGGAATTTGTTGTTGGTAGTGGGAGCTATGATGTCACTTGCAGTTGTTCGTATAGCTTCTGTTGGAATTGTGCAGAAGAAGCTCATCGACCGGTGGACTGTGAAAACTGTGGCAAAGTGGGTTTTGAAAAACAGTGCAGAATCTGAGAACATGAATTGGATATTGGCCAACTCCAAGCCCTGTCCCAAGTGCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997881
ATGTTCCCCTACAGATTAAGTGGTGCCCTGCTCCTGGTTGTGATTCAGCTGTGGAATTTGTTGTTGGTAGTGGGAGCTATGATGTCACTTGCAGTTGTTCGTATAGCTTCTGTTGGAATTGTGCAGAAGAAGCTCATCGACCGGTGGACTGTGAAAACTGTGGCAAAGTGGGTTTTGAAAAACAGTGCAGAATCTGAGAACATGAATTGGATATTGGCCAACTCCAAGCCCTGTCCCAAGTGCAAGCGTCCGATTGAAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779300.1
MFPYRLSGALLLVVIQLWNLLLVVGAMMSLAVVRIASVGIVQKKLIDRWTVKTVAKWVLKNSAESENMNWILANSKPCPKCKRPIEKNQGCMHMTCTPPCKFEFCWLCLGQWSEHGERTGGFYACNRYEAAKQEGVYDEAERRREMAKNSLERYTHYYERWASNQSSRQKALADLLQMQSVHLEKLSEVQSQPESQLKFIIEAWQQIVECRRVLKWTYAYGYYLPEAEHTKKQFFEYLQGEAEAGLERLHQCAEKELMNY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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