Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003945`

染色体: Chr01 坐标: 57792685-57794605 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003945`
名称	SmilChr01G003945
描述	probable isoaspartyl peptidase/L-asparaginase 2
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	57792685 - 57794605 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998157`
GeneID	`130998157`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998157`
原始查询	`SmilChr01G003945`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable isoaspartyl peptidase/L-asparaginase 2
产物	probable isoaspartyl peptidase/L-asparaginase 2
Arabidopsis	`AT3G16150` (ASPGB1) N-terminal nucleophile aminohydrolases (Ntn hydrolases) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820860] identity=84.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0650700` (OsASNase2) - identity=77; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0016787 (hydrolase activity)
KEGG	smil00250 (Alanine, aspartate and glutamate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00460 (Cyanoamino acid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01112 (Asparaginase_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998157

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057779574.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057779574.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057779574.1`
4	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057779574.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779574.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:57793067`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A10
`Chr1:57793224`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	5	B40,B6,B73,C67,D5
`Chr1:57793224`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	5	B40,B6,B73,C67,D5
`Chr1:57793244`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B40,B6,C67,D5
`Chr1:57793310`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B61,B73,C29,C47
`Chr1:57793345`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A24
`Chr1:57794139`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B35,B98,D5
`Chr1:57794173`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A24,A6,B35,C33,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779574.1

328 aa

164

328

Asparaginase_2

PF01112 Asparaginase_2 4-326 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779574.1`	Pfam	`PF01112`	Asparaginase_2	Domain	4	326	8.1e-101	338.0	Asparaginase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923591.1
AGATTATACTAATATATGAAATTAAATGAGGTTGTAATTGGAAAAGTTTGGATAGAGGTTGTAAGTTGGCATCCGGAACCCAAAAGTAAGTATTAAAAAAATAAATAGGTAATTAAAAGAAGTATTTGGAGTCCATTTGATATGGATCGCTCCCGTCTATAAATTTGCGCAAAGAATCTCCACCTCCCATCACTCGCTCGCCTTTATATCCTGCAAATCACAAGCAACACAAACACAACTTAAAAACTCCACGGATATTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998157
ATGGGCGGTTGGGCTATAGCGGTGCACGGCGGCGCTGGTGTGGATCCAAACCTCCCCAAGGAACGTCAAGAAGAAGCCAAGCAACTTCTCACTCGTTGCCTTAACCTCGGCATCTCCGCCCTCCGCTCCTCTCTCCCTCCCATTGATGTCGTCGAGCTCGTTATTCGAGAATTGGAGAGTGATCCCCTGTTTAATTCTGGGCGTGGATCTGCGCTGACGGCCAAGGGGACGGTGGAGATGGAGGCGAGCATCATGGACGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779574.1
MGGWAIAVHGGAGVDPNLPKERQEEAKQLLTRCLNLGISALRSSLPPIDVVELVIRELESDPLFNSGRGSALTAKGTVEMEASIMDGTGRRCGAVSGVTTVKNPISLARLVMDKSPHSYLAFSGAEEFAKQQGVEMVENEYFITEDNVGMLKLAKEANSILFDYRIPLSGSDSCSAAVEAPPLQMNGLPISVYAPETVGCVVVDGQGRCAAGTSTGGLMNKMAGRIGDSPLIGSGTYACEVCGVSCTGEGEAIIRGTLAR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器