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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004209`

染色体: Chr01 坐标: 60528217-60534786 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004209`
名称	SmilChr01G004209
描述	probable pectate lyase 8
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	60528217 - 60534786 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000430`
GeneID	`131000430`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000430`
原始查询	`SmilChr01G004209`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable pectate lyase 8
产物	probable pectate lyase 8
Arabidopsis	`AT4G13710` (AT4G13710) Pectin lyase-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827005] identity=73.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0137201` (OsPLL4.2) - identity=80.7; qcov=0.876; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0030570 (pectate lyase activity)
KEGG	smil00040 (Pentose and glucuronate interconversions - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00544 (Pectate_lyase_4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000430

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	0.80000	`XP_057782319.1`
2	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057782319.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057782319.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057782319.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057782319.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:60528554`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C17
`Chr1:60528612`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	37	A11,A4,A6,A7,B108,B119,B123,B125,B127,B132,B26,B29,B3,B35,B36,B44,B65,B67,B87,B90,C13,C15,C17,C19,C20,C22,C41,C45,C51,C52,C58,C60,C66,C71,C84,C85,D6
`Chr1:60528615`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	40	A11,A4,A6,A7,B108,B119,B123,B125,B127,B132,B26,B29,B3,B35,B36,B44,B65,B67,B85,B87,B90,C13,C15,C17,C19,C20,C22,C41,C45,C51,C52,C53,C58,C60,C66,C71,C73,C84,C85,D6
`Chr1:60528623`	`G`	`GCT`	2bp_insertion	frameshift_variant	3	B119,C19,C22
`Chr1:60528623`	`G`	`GCT`	2bp_insertion	CDS_variant	3	B119,C19,C22
`Chr1:60528626`	`A`	`ATG`	2bp_insertion	frameshift_variant	61	A11,A4,A6,A7,B113,B123,B125,B127,B132,B137,B138,B14,B16,B17,B26,B29,B3,B31,B35,B36,B44,B52,B56,B65,B67,B85,B86,B87,B89,B90,B91,C13,C15,C17,C20,C24,C27,C39,C41,C45,C51,C52,C53,C56,C58,C6,C60,C66,C68,C69,C71,C73,C80,C84,C85,C86,C87,D2,D3,D4,D6
`Chr1:60528682`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	75	A1,A11,A15,A20,A23,A4,A6,A7,A8,B101,B108,B111,B112,B119,B125,B127,B137,B138,B18,B19,B22,B26,B27,B29,B31,B34,B38,B5,B52,B56,B62,B67,B68,B7,B84,B87,B89,B91,B95,B99,C11,C12,C13,C15,C19,C2,C21,C22,C24,C27,C29,C36,C38,C39,C4,C41,C45,C51,C53,C58,C59,C6,C61,C63,C68,C71,C80,C86,C87,D11,D3,D4,D5,D6,D9
`Chr1:60528687`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	76	A1,A11,A15,A20,A23,A4,A6,A7,A8,B101,B108,B111,B112,B119,B125,B127,B137,B138,B18,B19,B22,B26,B27,B29,B31,B34,B38,B5,B52,B56,B62,B67,B68,B7,B84,B87,B89,B91,B95,B99,C11,C12,C13,C15,C19,C2,C21,C22,C24,C27,C29,C30,C36,C38,C39,C4,C41,C45,C51,C53,C58,C59,C6,C61,C63,C68,C71,C80,C86,C87,D11,D3,D4,D5,D6,D9
`Chr1:60528692`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	129	A1,A10,A11,A15,A18,A2,A20,A23,A3,A4,A6,A7,A8,B1,B101,B106,B108,B111,B113,B117,B119,B121,B123,B125,B126,B127,B132,B137,B138,B139,B14,B140,B16,B17,B19,B22,B26,B27,B29,B3,B31,B34,B35,B36,B37,B38,B41,B42,B44,B45,B5,B52,B56,B60,B62,B65,B67,B68,B7,B74,B75,B84,B85,B86,B87,B89,B90,B91,B92,B94,B95,B99,C11,C12,C13,C15,C16,C19,C2,C20,C21,C22,C24,C25,C27,C29,C34,C36,C38,C39,C4,C41,C45,C46,C51,C52,C53,C55,C56,C58,C59,C6,C60,C61,C63,C64,C66,C67,C68,C69,C7,C71,C73,C75,C76,C80,C81,C84,C85,C86,C87,D11,D2,D3,D4,D5,D6,D8,D9
`Chr1:60528845`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	25	A6,B1,B105,B106,B108,B110,B127,B128,B132,B137,B29,B31,B35,B48,B5,B88,B95,C41,C45,C69,C80,D3,D4,D5,D8
`Chr1:60528851`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	24	A6,B1,B105,B106,B108,B110,B127,B128,B132,B137,B29,B31,B35,B48,B5,B88,B95,C41,C45,C80,D3,D4,D5,D8
`Chr1:60528881`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	B1,B29,C45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782319.1

437 aa

218

437

Pectate_lyase_4

PF00544 Pectate_lyase_4 170-367 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057782319.1`	Pfam	`PF00544`	Pectate_lyase_4	Repeat	170	367	4.9e-19	69.3	Pectate lyase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057926336.1
CGCGCTTATTTATATTTTCTCCCTCTTTCCTTCTATTATAAAACCACTAACGCATTTCACCAATCCAATATTCACATTCATTGCTTCCATCTTCTAGGCATTCACACACACATACACACACAGTGATATATACATACGTAAACGTATATATACATACTGTATACACACACATTCTGTTCATAGAGTTGTCAACTAATTTGCATCAGAGAATAAATTACGGGAGAGTTTTCTCCAACTCGCGGCAATGGCGGTTTCTCTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000430
ATGGCGGTTTCTCTGAAAATCATCGAGCTTTTAGCATTTCTCACTCTACTGTTGCTTGCCAATGTAATTGCTCACACAGATAGTATTGAAGAAATTCAGAAGCTGAAGAGCATCAGAAACTCAACTATGGCGGAAAGGTTGGAGGAATTTAAGCACGATGACGCTGTAGACGATCCAGAAGCTGTCGCAGACATGGTTTATATGGCTACCCGAAACAGCACCGAGCGAAGGAAGCTAGGATTCTTCTCATGCGGCACGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057782319.1
MAVSLKIIELLAFLTLLLLANVIAHTDSIEEIQKLKSIRNSTMAERLEEFKHDDAVDDPEAVADMVYMATRNSTERRKLGFFSCGTGNPMDDCWRCDRNWMRNRRRLADCAIGFGRNAVGGRDGRYYVVSNPADDDPVNPRPGTLRHAVIQDRPLWIVFKRDMVITLKQELIMNSFKTIDGRGANVHIANGGCITIQFVTNIIIHGLHIHDCKRTGNAMVRSSPSHYGWRTMADGDGISIFGSSHIWIDHNSLSSCTDGL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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