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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004306

染色体: Chr01 坐标: 61252932-61254255 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004306
名称SmilChr01G004306
描述polygalacturonase inhibitor-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向61252932 - 61254255 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001214
GeneID131001214
locus_tag-
NCBI NameLOC131001214
原始查询SmilChr01G004306

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述polygalacturonase inhibitor-like
产物polygalacturonase inhibitor-like
ArabidopsisAT5G06860 (PGIP1)
polygalacturonase inhibiting protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830577]
identity=52.4; qcov=0.933; evalue=1.82e-105; confidence=high
RiceOs05g0104600 (PGIP3)
-
identity=41.2; qcov=0.951; evalue=2.27e-72; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001214

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell wall 细胞壁 0.80000 XP_057783524.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057783524.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057783524.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783524.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057783524.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:61253116 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr1:61253118 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 2 B22,B41
Chr1:61253118 CA C 1bp_deletion CDS_variant 2 B22,B41
Chr1:61253121 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr1:61253194 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr1:61253405 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C54
Chr1:61253415 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C44
Chr1:61253551 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B11,C79,C87
Chr1:61253575 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr1:61253752 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C54
Chr1:61253821 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9
Chr1:61253846 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 3 B67,B86,B9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783524.1
329 aa
N
1
164
329
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 26-65 aa PF00560 LRR_1 119-140 aa PF00560 LRR_1 142-164 aa PF00560 LRR_1 168-187 aa PF00560 LRR_1 261-282 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783524.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 26 65 5.4e-10 40.1 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057783524.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 119 140 7.1e-20 67.6 Leucine Rich Repeat
XP_057783524.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 142 164 7.1e-20 67.6 Leucine Rich Repeat
XP_057783524.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 168 187 7.1e-20 67.6 Leucine Rich Repeat
XP_057783524.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 261 282 7.1e-20 67.6 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927541.1
AACGAAGTTCTATACTGCATAAATATAATGCCAAAAAGAATAAACATAAAAAGAAATATGTAAAGGGCTACATGATTTATTTATACTTTATTTAAAGGTCCATGATTGGTACTGTTTTTATATTGACCGTATACAAGTTTTCCCCTCGTTTTATAATAGGTTTGACAAATATAAATTGGGGCATTTTCCGGATAGTTGTCACACTATTACCATTATCCAAAATTCAAATTCCAATCCATGGCTTCTTCCCATCTTCCTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001214
ATGGCTTCTTCCCATCTTCCTCTCCTCTTCCTCATTTCTATTTCCTTTCTCTCGGTCTCATTCACAGAGAGGTGCCACCCAAATGACAAGAATACCCTCCTTCAGATCAAGAAAGACCTCAACGACCCTTACTTCCTCATCTCTTGGGATCCCAAAACCGACTGCTGCGACCACTGGTACGTGGTGAAATGCGACGACAAAACCAACCGAATTACCGAATTTGTCCTCGCCCAAACCGATCTCCATCTCCCTATTCCGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057783524.1
MASSHLPLLFLISISFLSVSFTERCHPNDKNTLLQIKKDLNDPYFLISWDPKTDCCDHWYVVKCDDKTNRITEFVLAQTDLHLPIPAAIGDLPYLQDLTIHACNATGKIPQAISKLSQLNFLDLRQNLLTGPVPSFLGNLKKLTYIGLSRNSLTGSIPPSLSQLPELSGLLLDRNNLTGGIPESFADFKQKSFYLYMSHNQLFGPIPRRLGYTNFTFLDVSRNKLEGDVSFMFGKNKSMNTADFSRNLLQFNLSKVEFSE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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