Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004313`

染色体: Chr01 坐标: 61300692-61303219 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004313`
名称	SmilChr01G004313
描述	transcription factor bHLH130-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	61300692 - 61303219 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001269`
GeneID	`131001269`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001269`
原始查询	`SmilChr01G004313`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcription factor bHLH130-like
产物	transcription factor bHLH130-like
Arabidopsis	`AT2G42280` (FBH4) basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818829] identity=39.4; qcov=0.958; evalue=5.78e-47; confidence=medium
Rice	`Os08g0506700` (OsFBH1) - identity=35.4; qcov=0.991; evalue=3.06e-33; confidence=medium
GO	GO:0000978 (RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding); GO:0000981 (DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific); GO:0005634 (nucleus); GO:0006357 (regulation of transcription by RNA polymerase II); GO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGG	-
Pfam	PF00010 (HLH)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001269

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057783598.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057783598.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057783598.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057783598.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057783598.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:61300896`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C11,C69
`Chr1:61301097`	`C`	`CTG`	2bp_insertion	frameshift_variant	19	B10,B107,B119,B120,B124,B21,B42,B43,B62,B75,B76,B79,B95,C39,C50,C53,C75,C84,C87
`Chr1:61301100`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	32	A16,A4,B10,B107,B119,B120,B124,B128,B21,B42,B43,B52,B62,B75,B76,B79,B83,B95,C2,C30,C32,C39,C50,C53,C59,C68,C75,C84,C87,C9,D8,D9
`Chr1:61301238`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr1:61301863`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B25,C1,D7
`Chr1:61301910`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B35,C78
`Chr1:61302357`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A6,B27,C47
`Chr1:61302385`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	7	B31,B67,B68,B85,C56,C79,D11
`Chr1:61302467`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A6,B27
`Chr1:61302486`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B68,C12
`Chr1:61302652`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B68,C12

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783598.1

382 aa

191

382

HLH

PF00010 HLH 316-361 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057783598.1`	Pfam	`PF00010`	HLH	Domain	316	361	1.1e-08	35.4	Helix-loop-helix DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057927615.1
ATATCATTTGTTTTAGTTTCAACTCAAAGGTCCTTTCTCAAAGAAGAAAGTGTAGAGTAAAAGGCTGCAACTACCTTCCTCTTTTATAATTTCCTCTCTCATCCCAAAAAAGGTCCATGCCTAGACAGACCTCATCTTACTCCACCTTCTATAAATTTAACACTAGATTAGAGAGAGAGAGAGAGATATCTCCATCATCTCCAAACCATTCAGCTTCACCATTCCTACCAAACAAACAAGTCAATTTCCTGCTCGAACTC...

XM_057927623.1
AAAAGGCTGCAACTACCTTCCTCTTTTATAATTTCCTCTCTCATCCCAAAAAAGGTCCATGCCTAGACAGACCTCATCTTACTCCACCTTCTATAAATTTAACACTAGATTAGAGAGAGAGAGAGAGATATCTCCATCATCTCCAAACCATTCAGCTTCACCATTCCTACCAAACAAACAAGTCAATTTCCTGCTCGAACTCTGTAATAAATTATCTTTGCCACAAAACCCTTAAAAAGAACAGATCTTTGTTGCTTCAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131001269
ATGTATGGTGATTCCCATGCATTATCTTCTGATCCGAGCCCTATATTTCCACCGAATCGCAAGCAGAAAGAAGAGCAGCAGCAGCTTCCATTAATGGAATCCGACTACCGACAGCAGCTCGCCTGCAGCCAGAACAGTTCTGGGCTGCTGAGATTTAGGTCTGCTCCCACTTCTCTGCTCGAAAATTTCACAGACAAGGGTGCGAAATTGGGGTTTTCGAGATTCTGCTCCGATGAAATGGATGGCGTGAATGCGGCGGC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057783598.1
MYGDSHALSSDPSPIFPPNRKQKEEQQQLPLMESDYRQQLACSQNSSGLLRFRSAPTSLLENFTDKGAKLGFSRFCSDEMDGVNAAAENDDVDDGKGSGNRFGGANSQLPPQYPRQSGAQLGYRGLTSIARENQGLMRQNSSPAGLFSHLNSQNGYSGVRGVGSYRVGGDGDLSPSSNRFKNHMNCSRVSPSSLSRISEFESENALVDEAKVGNGSGDHSLIFSSGFPFASWNDSSYFAENFNNSGIKRELDCDPNLFVN...

XP_057783606.1
MYGDSHALSSDPSPIFPPNRKQKEEQQQLPLMESDYRQQLACSQNSSGLLRFRSAPTSLLENFTDKGAKLGFSRFCSDEMDGVNAAAENDDVDDGKGSGNRFGGANSQLPPQYPRQSGAQLGYRGLTSIARENQGLMRQNSSPAGLFSHLNSQNGYSGVRGVGSYRVGGDGDLSPSSNRFKNHMNCSRVSPSSLSRISEFESENALVDEAKVGNGSGDHSLIFSSGFPFASWNDSSYFAENFNNSGIKRELDCDPNLFVN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器