Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004359`

染色体: Chr01 坐标: 61779497-61785042 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004359`
名称	SmilChr01G004359
描述	thioredoxin reductase NTRC
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	61779497 - 61785042 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001656`
GeneID	`131001656`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001656`
原始查询	`SmilChr01G004359`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	thioredoxin reductase NTRC
产物	thioredoxin reductase NTRC
Arabidopsis	`AT2G41680` (NTRC) NADPH-dependent thioredoxin reductase C [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818766] identity=75; qcov=0.961; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os07g0657900` (NTRC) - identity=83.9; qcov=0.816; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004791 (thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0019430 (removal of superoxide radicals)
KEGG	smil00450 (Selenocompound metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00070 (Pyr_redox); PF00085 (Thioredoxin); PF00462 (Glutaredoxin); PF07992 (Pyr_redox_2); PF13738 (Pyr_redox_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001656

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057784201.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057784201.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057784201.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057784201.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057784201.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:61779604`	`G`	`GAT`	2bp_insertion	frameshift_variant	3	A10,A2,B26
`Chr1:61779604`	`G`	`GAT`	2bp_insertion	CDS_variant	3	A10,A2,B26
`Chr1:61779844`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:61780570`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A20,B104,B130
`Chr1:61780670`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A13,B88,C11,C69
`Chr1:61780689`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B50
`Chr1:61781596`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:61783666`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B66,B78,B93,B97,C5
`Chr1:61784784`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B66,B78,B93,B97,C5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784201.1

570 aa

285

570

Pyr_redox_2

Pyr_redox_3

Pyr_redox

Thioredoxin

Glutaredoxin

PF07992 Pyr_redox_2 126-421 aa PF13738 Pyr_redox_3 204-404 aa PF00070 Pyr_redox 273-346 aa PF00085 Thioredoxin 482-567 aa PF00462 Glutaredoxin 488-533 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057784201.1`	Pfam	`PF07992`	Pyr_redox_2	Domain	126	421	8.5e-49	167.2	Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
`XP_057784201.1`	Pfam	`PF13738`	Pyr_redox_3	Family	204	404	1.3e-19	71.3	Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
`XP_057784201.1`	Pfam	`PF00070`	Pyr_redox	Domain	273	346	1.1e-15	58.7	Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
`XP_057784201.1`	Pfam	`PF00085`	Thioredoxin	Domain	482	567	3.7e-16	59.7	Thioredoxin
`XP_057784201.1`	Pfam	`PF00462`	Glutaredoxin	Domain	488	533	7.5e-06	26.8	Glutaredoxin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057928218.1
GGGAGTATGAAAGTACTATATTCGAGAAAAGAAAAGATACTCCATATGAAAAGATTCAGAATTTGGAAGTGGTGAAAGGGAATTTTGATGAGTATTTGTTTTAAAGAGATATCGTATTGTCCGAAACCAATGGCAGTCACTCCCTACCTCCACCCAAAGATAACAAACGGCATCGTTTCCGGTGCCGGACCTCATTTCGGATTCGGGTTCCGAGCCCGGCCCATTACCACCCTTTCGTCTCTCTCAGCAATGGCGACCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131001656
ATGAGTATTTGTTTTAAAGAGATATCGTATTGTCCGAAACCAATGGCAGTCACTCCCTACCTCCACCCAAAGATAACAAACGGCATCGTTTCCGGTGCCGGACCTCATTTCGGATTCGGGTTCCGAGCCCGGCCCATTACCACCCTTTCGTCTCTCTCAGCAATGGCGACCACTCCTTCCACTCTCTCCAACGCTCTCCTTCCCTCTCGGAGCAATTTAATCTTCCTCAAGGGCGCTGCCTTCACCCGCCGCCGAGCCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057784201.1
MSICFKEISYCPKPMAVTPYLHPKITNGIVSGAGPHFGFGFRARPITTLSSLSAMATTPSTLSNALLPSRSNLIFLKGAAFTRRRAAGFSPRPSHLRIYSSPFRVAVSAVSSAEEEPTSSAGGIENLVIIGSGPAGYTAAIYAARANLKPVVFEGFQVGGVPGGQLMTTTEVENFPGFPDGITGPDLMDRMRKQAERWGAELYQEDVEFIDLKNRPFTVKSSEKEVNCHSIIYATGATARRLGLPREEEFWCRGISACAI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器