Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004401`

染色体: Chr01 坐标: 62133624-62135549 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004401`
名称	SmilChr01G004401
描述	glucan endo-1,3-beta-glucosidase 8-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	62133624 - 62135549 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001776`
GeneID	`131001776`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001776`
原始查询	`SmilChr01G004401`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	glucan endo-1,3-beta-glucosidase 8-like
产物	glucan endo-1%2C3-beta-glucosidase 8-like
Arabidopsis	`AT1G64760` (AT1G64760) O-Glycosyl hydrolases family 17 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842784] identity=32.8; qcov=0.897; evalue=1.33e-84; confidence=low
Rice	`Os03g0792800` (OSJNBb0060J21.19) - identity=34.8; qcov=0.87; evalue=3.74e-88; confidence=low
GO	GO:0004553 (hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process)
KEGG	-
Pfam	PF00332 (Glyco_hydro_17); PF07983 (X8)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001776

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057784342.1`
2	Cell wall	细胞壁	0.20000	`XP_057784342.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057784342.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057784342.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057784342.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:62133852`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B139,B73,C25
`Chr1:62133990`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B137
`Chr1:62134466`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B95,C82
`Chr1:62134487`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87
`Chr1:62134581`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B112,B122,B53,C8
`Chr1:62134655`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B36
`Chr1:62134889`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B125,B138,B82,B90,B92
`Chr1:62134949`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C60
`Chr1:62135156`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B21,B49,B6,B99,C31
`Chr1:62135159`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B21,B49,B6,B99,C31
`Chr1:62135168`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B21,B49,B6,B99,C31
`Chr1:62135267`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B20,C49

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784342.1

506 aa

253

506

Glyco_hydro_17

PF00332 Glyco_hydro_17 28-340 aa PF07983 X8 363-431 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057784342.1`	Pfam	`PF00332`	Glyco_hydro_17	Domain	28	340	6.4e-39	135.1	Glycosyl hydrolases family 17
`XP_057784342.1`	Pfam	`PF07983`	X8	Domain	363	431	5.4e-11	43.7	X8 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057928359.1
TAAAGTATCATCTTACTCCTATTATGGTGCTATATGATCTCTCATATATTCTCTACCCTACAATTACTTGAATTTCTCTCTCTTAACTCAATACTTAATAGTTGTCTCGTATTCCCTTTGATTTTGGAGGGGCAAACGCAATCAAGCCTAACATGTTTCTCCGATTCCCATCCCAACAACAGAAAAATCCATCTCCTTGATTGGGGCCAATCCATCTCCCATGGCTTCGAAGATTATGATGCCTATTGCATGCGCGATGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131001776
ATGGCTTCGAAGATTATGATGCCTATTGCATGCGCGATGGCGATGGTGGTCTTGTTTGCAGGCTATGGCGCAGAAGCATCGATAGGCATCAATTGGGGAAGGGAGAGCGCCCAAAGATTGGTCCCATCACAAGTTGTGGATTTGTTGTTGCAAAATGGAATCCGACGTGCAAGAATCTACACCTCTCAAAGAGATATATTGGCTGCGTTTGCGGGAAGTGGCATTAACCTCACCATTTCCTTAATGAAACCTACCTTGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057784342.1
MASKIMMPIACAMAMVVLFAGYGAEASIGINWGRESAQRLVPSQVVDLLLQNGIRRARIYTSQRDILAAFAGSGINLTISLMKPTLIKCKEAARVWVQKNHEFFSPCTIRSVYFGGYPFIHGNGNRTFLASIIKAQRWVQEALNERGFEDVKVNIQHLEGELKPNITKPSQAEFKDEIKPELVQYLQFLRENNAPFPADYIPIMDIVDQNFDLNFAFADNSSDLVITDVNGAVYTNIVEWRYDCYVWALEKLNFSDIKVS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器