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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004452`

染色体: Chr01 坐标: 62644684-62650559 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004452`
名称	SmilChr01G004452
描述	histidine--tRNA ligase, chloroplastic/mitochondrial
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	62644684 - 62650559 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131002812`
GeneID	`131002812`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131002812`
原始查询	`SmilChr01G004452`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	histidine--tRNA ligase, chloroplastic/mitochondrial
产物	histidine--tRNA ligase%2C chloroplastic/mitochondrial
Arabidopsis	`AT3G46100` (HRS1) Histidyl-tRNA synthetase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823753] identity=68.3; qcov=0.973; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0754700` - identity=57.9; qcov=0.991; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004821 (histidine-tRNA ligase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006427 (histidyl-tRNA aminoacylation)
KEGG	smil00970 (Aminoacyl-tRNA biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00587 (tRNA-synt_2b); PF01409 (tRNA-synt_2d); PF03129 (HGTP_anticodon); PF13393 (tRNA-synt_His)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131002812

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057785264.1`
2	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057785271.1`
3	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.40000	`XP_057785271.1`
4	Mitochondrion matrix	线粒体基质	0.20000	`XP_057785264.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057785271.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:62644809`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B124,B76
`Chr1:62645033`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C64,C66
`Chr1:62647863`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C10
`Chr1:62650007`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B125,B90,B91,B92,C57
`Chr1:62650267`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B124,B76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057785264.1

495 aa

248

495

tRNA-synt_His

tRNA-synt_2d

tRNA-synt_2b

HGTP_anticodon

PF13393 tRNA-synt_His 83-387 aa PF01409 tRNA-synt_2d 101-228 aa PF00587 tRNA-synt_2b 138-232 aa PF03129 HGTP_anticodon 413-494 aa

XP_057785271.1

451 aa

226

451

tRNA-synt_His

HGTP_anticodon

PF13393 tRNA-synt_His 136-343 aa PF03129 HGTP_anticodon 369-450 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057785264.1`	Pfam	`PF13393`	tRNA-synt_His	Domain	83	387	1.6e-44	153.1	Histidyl-tRNA synthetase
`XP_057785264.1`	Pfam	`PF01409`	tRNA-synt_2d	Domain	101	228	6.7e-05	23.2	tRNA synthetases class II core domain (F)
`XP_057785264.1`	Pfam	`PF00587`	tRNA-synt_2b	Domain	138	232	6.6e-11	43.3	tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T)
`XP_057785264.1`	Pfam	`PF03129`	HGTP_anticodon	Domain	413	494	1.2e-10	42.1	Anticodon binding domain
`XP_057785271.1`	Pfam	`PF13393`	tRNA-synt_His	Domain	136	343	6.9e-30	105.0	Histidyl-tRNA synthetase
`XP_057785271.1`	Pfam	`PF03129`	HGTP_anticodon	Domain	369	450	9.7e-11	42.4	Anticodon binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057929281.1
ACCAAGTTCTCTATGAACCTTCTCTCATATATCCTCAGTAGTTCAAGTTAAGGGGTGAAGGCAAAATGCGTGCCGTCATCCACCCTTCCTTCCTTATCCACTACCACTACCCCTCTGCCGCCTCCGCCTTGCTCCGTTCTCTCCGCTATCGGCTGCCTCTCGCCGCTCCATTATTTCTCAAAGTTAAAGCTCTGTCTACTTCCGCCTCTTACGCTGAACTGGACAATGCCCGGACCGGTCGATCCGCATCGCTCGCTTCG...

XM_057929288.1
CAAGTTCTCTATGAACCTTCTCTCATATATCCTCAGTAGTTCAAGTTAAGGGGTGAAGGCAAAATGCGTGCCGTCATCCACCCTTCCTTCCTTATCCACTACCACTACCCCTCTGCCGCCTCCGCCTTGCTCCGTTCTCTCCGCTATCGGCTGCCTCTCGCCGCTCCATTATTTCTCAAAGTTAAAGCTCTGTCTACTTCCGCCTCTTACGCTGAACTGGACAATGCCCGGACCGGTCGATCCGCATCGCTCGCTTCGCC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131002812
ATGCGTGCCGTCATCCACCCTTCCTTCCTTATCCACTACCACTACCCCTCTGCCGCCTCCGCCTTGCTCCGTTCTCTCCGCTATCGGCTGCCTCTCGCCGCTCCATTATTTCTCAAAGTTAAAGCTCTGTCTACTTCCGCCTCTTACGCTGAACTGGACAATGCCCGGACCGGTCGATCCGCATCGCTCGCTTCGCCTCCGGCCTCTTCCGACTTCACGCAGAAAATCGACGTTAATCCGCCCAAGGGAACTCGAGATTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057785264.1
MRAVIHPSFLIHYHYPSAASALLRSLRYRLPLAAPLFLKVKALSTSASYAELDNARTGRSASLASPPASSDFTQKIDVNPPKGTRDFPPEEMRLRSWLFQNFREVSQLFGFEEVDFPVLESEALFVRKAGEEIKDQLYCFEDRGNRRVALRPELTPSLARLVLQKGKSVSLPLKWFAIGQCWRYERMTRGRRREHYQWNMDIIGVPNVTAEAELISSIVTFFKRIGITASDVGFKVSSRKVLQEVLRRYTVPESLFSRVC...

XP_057785271.1
MRAVIHPSFLIHYHYPSAASALLRSLRYRLPLAAPLFLKVKALSTSASYAELDNARTGRSASLASPPASSDFTQKIDVNPPKGTRDFPPEEMRLRSWLFQNFREVSQLFGFEEVDFPVLESEALFVRKAGEEIKDQCWRYERMTRGRRREHYQWNMDIIGVPNVTAEAELISSIVTFFKRIGITASDVGFKVSSRKVLQEVLRRYTVPESLFSRVCVTIDKLEKIPMDDIKNELRAAELSEQAVEELLQILAVKSLEELE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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