Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004681`

染色体: Chr01 坐标: 64887162-64888454 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004681`
名称	SmilChr01G004681
描述	putative GDP-L-fucose synthase 2
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	64887162 - 64888454 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005031`
GeneID	`131005031`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005031`
原始查询	`SmilChr01G004681`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative GDP-L-fucose synthase 2
产物	putative GDP-L-fucose synthase 2
Arabidopsis	`AT1G17890` (GER2) NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838368] identity=80.2; qcov=0.978; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0652400` - identity=75.2; qcov=0.984; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0009226 (nucleotide-sugar biosynthetic process); GO:0050577 (GDP-L-fucose synthase activity)
KEGG	smil00051 (Fructose and mannose metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00541 (Biosynthesis of various nucleotide sugars - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01250 (Biosynthesis of nucleotide sugars - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01370 (Epimerase); PF04321 (RmlD_sub_bind); PF16363 (GDP_Man_Dehyd)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005031

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057787807.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057787807.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057787807.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057787807.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057787807.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:64887452`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A15,B131
`Chr1:64887573`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B131,B55,B90,D10
`Chr1:64887577`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B100,B102
`Chr1:64887582`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B131,B55,B90,D10
`Chr1:64887922`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B80
`Chr1:64888140`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B11,B69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057787807.1

315 aa

158

315

RmlD_sub_bind

Epimerase

GDP_Man_Dehyd

PF04321 RmlD_sub_bind 12-128 aa PF01370 Epimerase 12-243 aa PF16363 GDP_Man_Dehyd 44-304 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057787807.1`	Pfam	`PF04321`	RmlD_sub_bind	Domain	12	128	6e-07	29.5	RmlD substrate binding domain
`XP_057787807.1`	Pfam	`PF01370`	Epimerase	Family	12	243	2e-63	214.7	NAD dependent epimerase/dehydratase family
`XP_057787807.1`	Pfam	`PF16363`	GDP_Man_Dehyd	Domain	44	304	2.4e-20	74.0	GDP-mannose 4,6 dehydratase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057931824.1
AATTAGGATTAATTAATTCGTATTTAAAATCATTAATTCAGCCCTTAAAAAGACCCATTAACTGAAGGCGATAAAAGCCCAACTTTTGCCATAGAAAGCCCAACTACAAAGCCCATTCTCAACCGACAACATCTACACCCGCTCTTTTCCTAACTCATCTTCACACCACCACCACCACCACCGTACCGTCACCGCAACGCCTATGGATCCAATCAGCATCGACAAATCTGGCGCCATATTCGTGGCCGGGCACCGCGGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005031
ATGGATCCAATCAGCATCGACAAATCTGGCGCCATATTCGTGGCCGGGCACCGCGGGCTCGTGGGCTCCGCCGTCGTCCGCAAGCTGACCTCCCTCGGGTACACGAACCTCCTCCTCCGCAGCCACGCGGAGCTCGATCTGACCTCCCAATCCGCCGTCGACGCCTTCTTCGCGGAGCATAAACCCCAATGCGTAATCCTAGCCGCCGCCAAAGTAGGCGGAATCCACGCCAACAACACCTACCCGGCGGATTTTATCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057787807.1
MDPISIDKSGAIFVAGHRGLVGSAVVRKLTSLGYTNLLLRSHAELDLTSQSAVDAFFAEHKPQCVILAAAKVGGIHANNTYPADFITINLQIQTNVISSAFNHKTLKLLFLGSSCIYPKFAPQPIPESALLTGPLEPTNEWYAIAKISGIKMCQAFRIQHSFDAISAMPTNLYGPNDNFHPENSHVLPALLRRFHQAKLSKLENVVVWGSGTPLREFLHVDDLADAIVFLLEKYSGLEHVNVGSGKEVSIKELAELVKEV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器