当前解析结果
SmilChr01G004830| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004830 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004830 |
| 描述 | beta-ureidopropionase |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 66436205 - 66438902 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131005165 |
|---|---|
| GeneID | 131005165 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131005165 |
| 原始查询 | SmilChr01G004830 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | beta-ureidopropionase |
| 产物 | beta-ureidopropionase |
| Arabidopsis | AT5G64370 (BETA-UP)beta-ureidopropionase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836558] identity=80.6; qcov=0.993; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os07g0485100 (OJ1753_E03.112)- identity=79.1; qcov=0.956; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0003837 (beta-ureidopropionase activity); GO:0033396 (GO:0033396) |
| KEGG | smil00240 (Pyrimidine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00410 (beta-Alanine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00770 (Pantothenate and CoA biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00795 (CN_hydrolase) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131005165 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057787966.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057787966.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057787966.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057787966.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057787966.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:66436795 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B87,C36,C59 |
Chr1:66437434 |
A |
AGC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B99,D3 |
Chr1:66437434 |
A |
AGC |
2bp_insertion | CDS_variant | 2 | B99,D3 |
Chr1:66437472 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B104,B50,D11 |
Chr1:66437482 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B22 |
Chr1:66437484 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 60 | A11,A16,A20,A21,A22,A24,A25,B107,B11,B111,B114,B115,B12,B120,B122,B127,B132,B134,B136,B20,B35,B40,B41,B43,B45,B47,B53,B56,B57,B59,B6,B60,B67,B69,B78,B80,B84,B87,B96,B99,C10,C14,C20,C21,C22,C35,C44,C48,C5,C54,C55,C56,C58,C72,C73,C8,D1,D3,D4,D8 |
Chr1:66437514 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C5 |
Chr1:66437519 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B125,B90,B92 |
Chr1:66437523 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 59 | A11,A18,A20,A21,A22,B103,B104,B107,B108,B11,B111,B114,B115,B12,B120,B127,B130,B132,B134,B20,B35,B41,B43,B45,B46,B47,B56,B57,B59,B6,B60,B67,B68,B69,B78,B80,B84,B85,B87,B96,B99,C10,C14,C21,C22,C39,C46,C48,C5,C54,C55,C58,C7,C70,C72,C8,D1,D3,D8 |
Chr1:66437549 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B50 |
Chr1:66437848 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B78 |
Chr1:66438489 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A8,B117,B18,C27,C57 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057787966.1PF00795
CN_hydrolase 95-370 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057787966.1 |
Pfam | PF00795 |
CN_hydrolase | Family | 95 | 370 | 1.8e-56 | 192.1 | Carbon-nitrogen hydrolase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。