Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004947`

染色体: Chr01 坐标: 67561799-67566063 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004947`
名称	SmilChr01G004947
描述	probable prolyl 4-hydroxylase 9
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	67561799 - 67566063 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005285`
GeneID	`131005285`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005285`
原始查询	`SmilChr01G004947`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable prolyl 4-hydroxylase 9
产物	probable prolyl 4-hydroxylase 9
Arabidopsis	`AT4G33910` (AT4G33910) 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829535] identity=70.1; qcov=0.945; evalue=1.19e-144; confidence=high
Rice	`Os03g0761900` - identity=65.4; qcov=0.976; evalue=4.3e-140; confidence=high
GO	GO:0004656 (procollagen-proline 4-dioxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0018401 (peptidyl-proline hydroxylation to 4-hydroxy-L-proline); GO:0031418 (L-ascorbic acid binding)
KEGG	smil00330 (Arginine and proline metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF13640 (2OG-FeII_Oxy_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005285

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Golgi apparatus	高尔基体	1.00000	`XP_057788165.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057788165.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788165.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057788165.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057788165.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:67562281`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A18,B140,B94,C38,C71
`Chr1:67562334`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A23,B65,B83,C59
`Chr1:67563478`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C17
`Chr1:67563846`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr1:67563902`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C59
`Chr1:67564897`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:67565466`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C10
`Chr1:67565516`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:67565543`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:67565689`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788165.1

290 aa

145

290

2OG-FeII_Oxy_3

PF13640 2OG-FeII_Oxy_3 169-282 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788165.1`	Pfam	`PF13640`	2OG-FeII_Oxy_3	Domain	169	282	5e-15	56.9	2OG-Fe(II) oxygenase superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932182.1
ATTTTTATTTTGGCAATCTGCCTCGCTCTTTTTGTCGACGTTTTGGAATTGCTTTCAAATATGAAATCATGAAAATTCCCGACATCAAGTTTTGTCACAATCCCTCAAAAAAAAAAAAAAGTCTTGTCGCAAAGATTTTGACGCAGAAACAAGCACTCTCCCGCCATTGATCCGCTTCAAGTTTTTCCCACATTGACAAGCTTTAGATTTTACCTTTATTAGTCGCCACAATCTTTGATACTAATTCTTACGACAAAACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005285
ATGAAATACAGAGGGAAAAGGGTTTTGGGGTTGGAGTCAAACCTAACATTGCCGATTGTTTTCTTTCTGTGCTTCTGCTTCTTTCTTGCTGGTCTATTTGGATCCATCATCATATCTCAGGATGTGAATAGGGGTGTATCCAGGCATAAATTGCTGCAAGATGTTGGATACGAACAAGGGAATTCAATGGTTCATGGTGAAAGTGGAGAGTCTTCCGTCACTTCTATCCCATTTCAGATCCTGAGTTGGAGACCACGGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057788165.1
MKYRGKRVLGLESNLTLPIVFFLCFCFFLAGLFGSIIISQDVNRGVSRHKLLQDVGYEQGNSMVHGESGESSVTSIPFQILSWRPRAIYYPDFASDEQCQNIIEQAKRKLKPSSLALREGETAESTKGIRTSSGAFLSASEDSTGSLEFVEEKIARATMLPRSHGEAFNVLRYEVDQRYVSHYDAFNPAEYGPLKSQRVASFLLYLSDVEEGGETMFPFENGLNMNQGYDYQSCIGLKVRPRRGDGLLFYSLYPNGTIDP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器