Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005281`

染色体: Chr01 坐标: 70204353-70208629 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005281`
名称	SmilChr01G005281
描述	probable amidase At4g34880
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	70204353 - 70208629 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005616`
GeneID	`131005616`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005616`
原始查询	`SmilChr01G005281`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable amidase At4g34880
产物	probable amidase At4g34880
Arabidopsis	`AT4G34880` (AT4G34880) Amidase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829640] identity=59.5; qcov=0.99; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0184100` - identity=58.5; qcov=0.973; evalue=0; confidence=high
GO	-
KEGG	smil00330 (Arginine and proline metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00360 (Phenylalanine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00380 (Tryptophan metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01425 (Amidase)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005616

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	0.80000	`XP_057788609.1`
2	Secreted	分泌到胞外	0.20000	`XP_057788609.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057788609.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788609.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057788609.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:70204566`	`ACT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	3	A19,B138,B88
`Chr1:70204566`	`ACT`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	3	A19,B138,B88
`Chr1:70204573`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B110
`Chr1:70204573`	`CA`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B110
`Chr1:70204608`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	8	A20,B113,B121,B136,B18,B64,C15,C21
`Chr1:70204943`	`GGC`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	A8
`Chr1:70204943`	`GGC`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	1	A8
`Chr1:70205042`	`A`	`AAG`	2bp_insertion	frameshift_variant	2	A11,B52
`Chr1:70205042`	`A`	`AAG`	2bp_insertion	CDS_variant	2	A11,B52
`Chr1:70206867`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B105,B90,C26,C33
`Chr1:70206888`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	10	A13,A25,B54,B75,B8,C1,C30,C51,C64,C66
`Chr1:70206939`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B138,B69,B74,B88,C75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788609.1

511 aa

256

511

Amidase

PF01425 Amidase 50-378 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788609.1`	Pfam	`PF01425`	Amidase	Domain	50	378	2.6e-72	245.0	Amidase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932626.1
CTTTTTAATCCAAACTACTTTAACCACAAAAACGAATAAAAATATCCAGTTCCACTTTCCCAAATTCAATTATTGGTGGACTATATATATACTAACTCAATTAATTCCAATTCGCTACGTTCTTTTCTTAACATAAAACAAAGCAACAAAGAAAAGAGTGGAAAAAAAATGATACTAATTCTTGGTGTTTCAATCTTACTATTAATCTCAGACACTCAAACAACATGCCATTGCCATCCAATATTCCCCATCAAAGAAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005616
ATGATACTAATTCTTGGTGTTTCAATCTTACTATTAATCTCAGACACTCAAACAACATGCCATTGCCATCCAATATTCCCCATCAAAGAAGCCACAATCCAACAACTGCAATCTGCCTTCCACCACAACAACCTCACATCGAAGCAGCTCGTCCAATTCTACCTCTCAGAAATCGCGAGGCTCAATCCGCTGCTGAAAGGCGTCGTAGAAGTGAATCCGGATGCAATTTCTCTAGCAGAGAGAGCTGATGAGGAGAGAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057788609.1
MILILGVSILLLISDTQTTCHCHPIFPIKEATIQQLQSAFHHNNLTSKQLVQFYLSEIARLNPLLKGVVEVNPDAISLAERADEERERKRRRGEEREGSLPPLHGIPVLLKDNIATKDKLNTTAGSYALLRSVVRRDAGVVAKLRKAGAIVLGKASLSEWANFRSLVAPNGWSGRGGQGKNPYVLSADPCGSSSGSAISVAANMAAVSLGTETDGSILCPSSSNAVVGIKPTVGLTSRAGVVPLSPRQDSVGPMCRTVSD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器