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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005344

染色体: Chr01 坐标: 70660344-70661647 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005344
名称SmilChr01G005344
描述transcription factor DIVARICATA-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向70660344 - 70661647 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005673
GeneID131005673
locus_tag-
NCBI NameLOC131005673
原始查询SmilChr01G005344

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription factor DIVARICATA-like
产物transcription factor DIVARICATA-like
ArabidopsisAT3G11280 (AT3G11280)
Duplicated homeodomain-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820299]
identity=75.2; qcov=0.693; evalue=1.77e-82; confidence=high
RiceOs01g0853700
-
identity=59.3; qcov=0.765; evalue=6.22e-65; confidence=high
GOGO:0003677 (DNA binding)
KEGG-
PfamPF00249 (Myb_DNA-binding)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005673

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057788686.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788686.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788686.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057788686.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057788686.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:70660793 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A11
Chr1:70661172 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A15,B5
Chr1:70661262 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B79
Chr1:70661356 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:70661357 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:70661478 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B119
Chr1:70661500 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788686.1
238 aa
N
1
119
238
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-binding
C
PF00249 Myb_DNA-binding 9-56 aa PF00249 Myb_DNA-binding 108-153 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788686.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 9 56 1.3e-22 80.4 Myb-like DNA-binding domain
XP_057788686.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 108 153 1.3e-22 80.4 Myb-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932703.1
AAACTTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGCTGACACAAAAAGTGGAAAAACTTGACAGCAGCCACACCAAACTTCAATCAAACCCCCATTATATAACAAACCAACCATTTGTATATATGCCCTCCTAATCTACACTGATTAATTAACACAACCCCAACTTATTAATTAAAGCATCCCACACACATGTTTTCATGTCTCCTTTTCTCTTTCTAATCCTACACTCTTTTGGATTCATTCACGGCCATGATCATTCTCAACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005673
ATGGAGGCGTGGCGGTGGCAGAGCAAGGCGTGGACTAAAGAAGAGAACAAGCGGTTCGAGAGCGCGCTGGCGATCTTCGACGAGAAGACTCCCAACAGATGGTTTAAGGTTGCAGAGATGATTCCTGGGAAATCTGTTTATGATGTAATAAATCAGTACAGAGAGTTAGTTGCAGATGTTAGTGATATAGAGGCAGGTTTGGTCCCCATTCCTGGCTACTTGGCTTCTTCATTTACATTGGCAGATCATGCCGATTGCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788686.1
MEAWRWQSKAWTKEENKRFESALAIFDEKTPNRWFKVAEMIPGKSVYDVINQYRELVADVSDIEAGLVPIPGYLASSFTLADHADCDFDVFRKRPKNNCCDQERKKGVPWTEEEHRRFLLGLEKHGKGDWRNISRNFVVSKTPTQVASHAQKYYLRQLSGAKDKRRPSIHDITTVHHPVINDGHGQEPLLDKFARNIVSTNAAAAASAMESTPRIVMDWSHKNEAAAAALVWRFLPRR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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