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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005449`

染色体: Chr01 坐标: 71559098-71562935 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005449`
名称	SmilChr01G005449
描述	isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase I
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	71559098 - 71562935 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005782`
GeneID	`131005782`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005782`
原始查询	`SmilChr01G005449`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase I
产物	isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase I
Arabidopsis	`AT3G02780` (IPP2) isopentenyl pyrophosphate:dimethylallyl pyrophosphate isomerase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820960] identity=79.8; qcov=0.846; evalue=2.13e-154; confidence=high
Rice	`Os07g0546000` (IPI) - identity=88.6; qcov=0.748; evalue=2.43e-154; confidence=high
GO	GO:0004452 (isopentenyl-diphosphate delta-isomerase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0008299 (isoprenoid biosynthetic process); GO:0009240 (isopentenyl diphosphate biosynthetic process)
KEGG	smil00900 (Terpenoid backbone biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00293 (NUDIX)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005782

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057788848.1`
2	Mitochondrion	线粒体	0.80000	`XP_057788848.1`
3	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.40000	`XP_057788848.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057788848.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788848.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:71559496`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B110,B139,B2,B23,C25
`Chr1:71559582`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:71562064`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D3
`Chr1:71562223`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A25,B134,B27,B63,C70
`Chr1:71562513`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B54,D4
`Chr1:71562583`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A1,B120,C15,C55,C76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788848.1

305 aa

152

305

NUDIX

PF00293 NUDIX 123-258 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788848.1`	Pfam	`PF00293`	NUDIX	Domain	123	258	1.9e-15	57.8	NUDIX domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932865.1
ATGACTTTTTTTAAAAGGAAAACAAAATATTGAAATGTTCTGATAAATAGTTTTATTTTTAATACTTTTTTTATTATATAAAAAATGAAGAAATTTGCGCTGGCGAAGAATCAGATAACAAAGCGGGCAGTTCGACTCCACCACCGCCGCCGCCACAACTGTAATGAGTGCTTTGCTAATGTAAAAACAATCCCTTTTTTTCCTACCTAAAAAGAGCCCAGTATTAAAAATGCCATAAATTTCCATTAAATAAGAAAAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005782
ATGTCGTCCTTGACCAGCATCCCGTTTCAAAAATTGTTGGCTGCATCCGCTGCAGCTGCTTCTTCTTCTTCTTCATCGATTTCTCCGCTCAAATCTCTCCTTTTAAAGCCCACTTCTTGTAGAGCCCTTTTCCATCCCAAACCCAACGCCGCCGCTACCCCTTTCGGCCTCCGTTTCGCCGCTTCATTCACCGCCGCTACCTCAACCATGGGTGACGTCGCCGCCGCCGATTCCGCCATGGACGCCGTCCAGAGGCGCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057788848.1
MSSLTSIPFQKLLAASAAAASSSSSSISPLKSLLLKPTSCRALFHPKPNAAATPFGLRFAASFTAATSTMGDVAAADSAMDAVQRRLMFEDECILVDENDHVVGHESKYNCHLMEKIEALNLLHRAFSVFLFNSKYELLLQQRSTTKVTFPLVWTNTCCSHPLYRDSELIEENALGVRNAAQRKLLDELGIPAEDVPVDQFVPLGRMLYKAPSDGKWGEHELDYLLFIVRDVSVHPNPDEVHDVKYVNREELKELLRKAD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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