Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005514`

染色体: Chr01 坐标: 71970230-71973272 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005514`
名称	SmilChr01G005514
描述	protein NRT1/ PTR FAMILY 5.5-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	71970230 - 71973272 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005851`
GeneID	`131005851`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005851`
原始查询	`SmilChr01G005514`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein NRT1/ PTR FAMILY 5.5-like
产物	protein NRT1/ PTR FAMILY 5.5-like
Arabidopsis	`AT2G38100` (AT2G38100) proton-dependent oligopeptide transport (POT) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818388] identity=27.5; qcov=1.08; evalue=7.67e-38; confidence=low
Rice	`Os01g0871600` (OsPOT) - identity=22.5; qcov=0.969; evalue=8.14e-23; confidence=weak
GO	GO:0016020 (membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG	-
Pfam	PF00854 (PTR2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005851

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057788936.1`
2	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057788936.1`
3	Vacuole membrane	液泡膜	0.20000	`XP_057788936.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057788936.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788936.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:71970430`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	34	A1,A18,A19,A20,A7,B112,B113,B134,B136,B138,B140,B18,B37,B38,B39,B47,B55,B62,B68,B7,B74,B93,B99,C12,C15,C23,C34,C35,C39,C43,C54,C58,C6,D3
`Chr1:71970492`	`G`	`GTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	A1
`Chr1:71970492`	`G`	`GTA`	2bp_insertion	CDS_variant	1	A1
`Chr1:71970499`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C15,C58
`Chr1:71970544`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B99
`Chr1:71970587`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A10,B120,B15,C21,C86
`Chr1:71970591`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A10,B120,B15,C21,C86
`Chr1:71970595`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B69,C65
`Chr1:71970602`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	4	B135,B69,B78,C2
`Chr1:71970602`	`A`	`AT`	1bp_insertion	CDS_variant	4	B135,B69,B78,C2
`Chr1:71970604`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B26,B28,B8,C14
`Chr1:71970624`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A16,B135,B69,C2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788936.1

518 aa

259

518

PTR2

PF00854 PTR2 211-480 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788936.1`	Pfam	`PF00854`	PTR2	Family	211	480	7.5e-09	35.7	POT family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932953.1
CACACAGTATTCGTATTGTGCAGGGGAGCAGAAGGTGTCTGAATTCTCTAACGATGGCTGGAAAAGTGAGAAGCAGTGCTTTGGCGTGGGCTGACATAGTGGTGGAAGGCACTCTCTTTCTAATGCAAAATTATCTAACAGATATTTGGAAACTCAGCTTCTTTAAAGCTGCTGCATTTCTTAATATATGGGGTGGAATTTATAGAATATTGCCAATTTTGATTGTCTTCCTCGCCGGCAATGGAAGAAACAGTTTACTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005851
ATGGCTGGAAAAGTGAGAAGCAGTGCTTTGGCGTGGGCTGACATAGTGGTGGAAGGCACTCTCTTTCTAATGCAAAATTATCTAACAGATATTTGGAAACTCAGCTTCTTTAAAGCTGCTGCATTTCTTAATATATGGGGTGGAATTTATAGAATATTGCCAATTTTGATTGTCTTCCTCGCCGGCAATGGAAGAAACAGTTTACTAAATTTCATCATGCTTGCAGCCTCTGGCATCTTCAGCACAACGGGTCTTGTCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057788936.1
MAGKVRSSALAWADIVVEGTLFLMQNYLTDIWKLSFFKAAAFLNIWGGIYRILPILIVFLAGNGRNSLLNFIMLAASGIFSTTGLVLITYSALPAYRCHHQDREAQCVGPSEKIEFITGMALIGLGKATRFAFSQPIMNIDEVETTNHEDEDEIQAPGTIGDRPAPSLHEEYLNGPSCELPRRILMYFRWILVVFFFVTPAVAFFTFPYVKKWYLLFGISAMCTLLATLSHLSGFRTYKESVSTPATVVKQAAIKLLSQE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器