Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005593`

染色体: Chr01 坐标: 72572491-72572990 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005593`
名称	SmilChr01G005593
描述	class I heat shock protein-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	72572491 - 72572990 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006032`
GeneID	`131006032`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006032`
原始查询	`SmilChr01G005593`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	class I heat shock protein-like
产物	class I heat shock protein-like
Arabidopsis	`AT1G53540` (AT1G53540) HSP20-like chaperones superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841789] identity=81.6; qcov=0.76; evalue=1.11e-39; confidence=medium
Rice	`Os01g0136000` (Oshsp16.9C) - identity=81.6; qcov=0.76; evalue=1.6e-41; confidence=medium
GO	GO:0006457 (protein folding); GO:0009408 (response to heat); GO:0009651 (response to salt stress); GO:0042542 (response to hydrogen peroxide); GO:0043621 (GO:0043621); GO:0051082 (GO:0051082); GO:0051259 (protein complex oligomerization)
KEGG	smil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00011 (HSP20)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006032

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057789174.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057789174.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057789174.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057789174.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057789174.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:72572743`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	15	A2,B110,B13,B37,B38,B39,B55,B70,B78,B82,C12,C31,C75,C78,D1
`Chr1:72572834`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A2,B110,B13,B55
`Chr1:72572881`	`CCA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	7	A2,B110,B55,B82,C12,C78,D1
`Chr1:72572885`	`T`	`TTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	7	A2,B110,B55,B82,C12,C78,D1
`Chr1:72572928`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C36
`Chr1:72572964`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	77	A16,A18,A24,A7,B102,B103,B106,B11,B113,B114,B122,B125,B13,B131,B132,B133,B140,B15,B16,B18,B19,B21,B22,B3,B34,B35,B36,B41,B42,B43,B44,B46,B47,B48,B52,B53,B60,B63,B64,B66,B69,B70,B71,B74,B8,B81,B91,B95,B98,C10,C12,C14,C2,C22,C24,C26,C3,C31,C33,C34,C37,C39,C41,C44,C47,C49,C51,C54,C70,C76,C77,C78,C8,C80,C81,C86,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789174.1

100 aa

100

HSP20

PF00011 HSP20 25-99 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057789174.1`	Pfam	`PF00011`	HSP20	Domain	25	99	6.4e-22	78.3	Hsp20/alpha crystallin family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057933191.1
GTAAATGCCAAATTAATGGGGAAAAGAAAGGAGGGCAAAAACAGAGGCATCTCGAAAGCACTCGCAAATTCTAGACTCGCAAACAGAGGCGGAATTCTGCAAATCAGTGGAGAGAGAAGCAAGGAGCAGGAGGAGAAGAATGACAAGTGGCACCGCGTGGAGAGGAGCAGCGGGAAGTTCCTCCGTCGCTTCAGGCTGCCGGAGAATGCCAAACTGGAGCAGGTGAAGGCGGCTATGGAGAATGGGGTGCTGACTGTCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131006032
ATGGGGAAAAGAAAGGAGGGCAAAAACAGAGGCATCTCGAAAGCACTCGCAAATTCTAGACTCGCAAACAGAGGCGGAATTCTGCAAATCAGTGGAGAGAGAAGCAAGGAGCAGGAGGAGAAGAATGACAAGTGGCACCGCGTGGAGAGGAGCAGCGGGAAGTTCCTCCGTCGCTTCAGGCTGCCGGAGAATGCCAAACTGGAGCAGGTGAAGGCGGCTATGGAGAATGGGGTGCTGACTGTCACAGTGCCTAAAGAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057789174.1
MGKRKEGKNRGISKALANSRLANRGGILQISGERSKEQEEKNDKWHRVERSSGKFLRRFRLPENAKLEQVKAAMENGVLTVTVPKEEVKKPEMKAIDISG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器