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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G006103`

染色体: Chr01 坐标: 76529367-76533633 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G006103`
名称	SmilChr01G006103
描述	uncharacterized SmilChr01G006103
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	76529367 - 76533633 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013977`
GeneID	`131013977`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013977`
原始查询	`SmilChr01G006103`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os08g0315200` - identity=32.1; qcov=0.385; evalue=7.29e-22; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004190 (aspartic-type endopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00098 (zf-CCHC); PF03732 (PEG10_N-capsid); PF08284 (RVP_2); PF19259 (Ty3_capsid)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013977

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057797906.1`
2	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057797906.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057797906.1`
4	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.20000	`XP_057797906.1`
5	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.20000	`XP_057797906.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:76530013`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A2,B13,C44
`Chr1:76530025`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B38
`Chr1:76530097`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B56,B66,B94,C82
`Chr1:76530118`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B136
`Chr1:76530160`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B109
`Chr1:76530160`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B109
`Chr1:76530201`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A2,B13,C56
`Chr1:76530703`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B114,B138,B34,B68,C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797906.1

436 aa

218

436

Ty3_capsid

PEG10_N-capsid

zf-CCHC

RVP_2

PF19259 Ty3_capsid 26-206 aa PF03732 PEG10_N-capsid 30-107 aa PF00098 zf-CCHC 281-296 aa PF08284 RVP_2 343-429 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057797906.1`	Pfam	`PF19259`	Ty3_capsid	Domain	26	206	9.3e-11	42.2	Ty3 transposon capsid-like protein
`XP_057797906.1`	Pfam	`PF03732`	PEG10_N-capsid	Domain	30	107	1.4e-12	48.5	Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain
`XP_057797906.1`	Pfam	`PF00098`	zf-CCHC	Domain	281	296	4.3e-07	30.4	Zinc knuckle
`XP_057797906.1`	Pfam	`PF08284`	RVP_2	Domain	343	429	2.7e-13	50.6	Retroviral aspartyl protease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057941923.1
TTTTAAAGAAAAAGGATTAAATTATTTTATGAGTAATTCCATTATAATGGAATTAAAATGTCCTATTAGAATGGCTTCATGTTTTAATAAATATTGAGACTATTTATTTACATGATAAAAAAATGTGGAATTGTGTTATAGAATGATTAAGTATATGATTTACTTTATCAAATGAGCTTGGGATTTAATTGAGATATTAAATTACTAAGCATGTGTTTATAAATGATTTATTTATTTAAGTGATGAAAATGTGCGAAGTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131013977
ATGCCTCCCAGAAGAGCCCCGAGAAACAATGTGGGAACCGCAAACGAACCTCCACGAAGGGTTGAGGAACTTTTTCTTAAACAGAGCCCGCCAACATTCAACGGGACCGGCAACCCGACTGATGCCGAAATCTGGATTAGAGCAATGGAAAGGATTTTCGACTTTCTTTACTGTTCTGACCAAGAGAGACTCTCTTGTGTTGCATTCCAACTAACTGGGTCGGCAGATTTTTGGTGGGAAACCAAGAAGAGGGCAATGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057797906.1
MPPRRAPRNNVGTANEPPRRVEELFLKQSPPTFNGTGNPTDAEIWIRAMERIFDFLYCSDQERLSCVAFQLTGSADFWWETKKRAMTLEQLENLTWEDFKTEIHDKYIPKSYRKKKETEFFNLKQNKMSVTEYDRAFCDMSRYAPHLIDTDEKMAEKFRSGLRHEIKMALAGHGNLTHSEALSRALDVEAAMPEDRPTQTQASGNNDRGKRKWDGNNNNNRGYYNNQDNKRPWQGNIMPQGQWQGRPVNPGSAGNNQGQL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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