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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000137

染色体: Chr02 坐标: 1860202-1861492 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000137
名称SmilChr02G000137
描述mitotic checkpoint protein BUB3.1-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向1860202 - 1861492 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012555
GeneID131012555
locus_tag-
NCBI NameLOC131012555
原始查询SmilChr02G000137

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述mitotic checkpoint protein BUB3.1-like
产物mitotic checkpoint protein BUB3.1-like
ArabidopsisAT3G19590 (BUB3.1)
Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821496]
identity=83.7; qcov=0.785; evalue=2.09e-149; confidence=high
RiceOs03g0448600 (OsWD40-76)
-
identity=84; qcov=0.778; evalue=3.38e-150; confidence=high
GOGO:0000776 (kinetochore); GO:0007094 (mitotic spindle assembly checkpoint signaling); GO:0009524 (phragmoplast); GO:0033597 (mitotic checkpoint complex); GO:0043130 (ubiquitin binding); GO:1990298 (bub1-bub3 complex)
KEGG-
PfamPF00400 (WD40)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012555

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057796526.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057796526.1
3 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057796526.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057796526.1
5 Vesicle 囊泡 0.20000 XP_057796526.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:1860452 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,C3,C38
Chr2:1860459 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 3 C48,D10,D11
Chr2:1860459 AC A 1bp_deletion CDS_variant 3 C48,D10,D11
Chr2:1860470 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C20
Chr2:1860486 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B117,B56,B80,C84
Chr2:1860488 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 1 B13
Chr2:1860488 G GC 1bp_insertion CDS_variant 1 B13
Chr2:1860501 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B124,B79
Chr2:1860518 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr2:1860524 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr2:1860619 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B52
Chr2:1860628 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796526.1
297 aa
N
1
148
297
WD40
WD40
WD40
C
PF00400 WD40 17-46 aa PF00400 WD40 58-83 aa PF00400 WD40 94-127 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796526.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 17 46 4.4e-18 65.6 WD domain, G-beta repeat
XP_057796526.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 58 83 4.4e-18 65.6 WD domain, G-beta repeat
XP_057796526.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 94 127 4.4e-18 65.6 WD domain, G-beta repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940543.1
TGTTTAGATAATTGGTTGAATAAAAAAAAAAAAGAGCCCAATTTTACTTTTCTCCAAAGAAAAAGGCCCAACTCAGAAATTTCTCTCTCAAAATAGAGGCCCATCAGCCTGAAACCATTTCTCTCTCTCTCTGGGAATCGCCGCTTCGTCTCAGCGCCCTCTTCCACTCTCTTAAAACTTCGCCTCTCTCCCCGCCGAACCCCCAGTCACTCCAAGCAAAAGGCGCAGCAAATTGCGGCAATCATGACGGCGGCGCCACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012555
ATGACGGCGGCGCCACCCCCGTCGACGGGAAGGGAGCTATTGAGCCCCCCGACCGACGGAATTTCCAACCTCAGGTTCTCCAACCACAGTGACCACCTTCTTGTTTCCTCATGGGATAAGAGTGTTCGGTTGTATGATGCTAGTGCCAATTCGCTCAGAGGGGAGTTTATGCACGGAGGGGCTGTACTAGATTGTTGCTTCCATGACGATACCTCAGGGTTTAGTGCTTCTGCTGATCATACTGTTAGAAGGCTCGTGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796526.1
MTAAPPPSTGRELLSPPTDGISNLRFSNHSDHLLVSSWDKSVRLYDASANSLRGEFMHGGAVLDCCFHDDTSGFSASADHTVRRLVFNYNRENVLGRHDGPVRCVEYSYATGQVITGSWDKTLKCWDPRSSSGQDRSLVGTYTQPERVYSMSLVGNRLVVATAGRHVNVYDLRNMSQPEQRRESSLKYQTRCVRCYPNGTGYALSSVEGRVAMEFFDLSEAGQSKKYAFKCHRKSEAARSYARRRLLHAIHLTPLSTQNL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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