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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000165

染色体: Chr02 坐标: 2136748-2141540 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000165
名称SmilChr02G000165
描述protein ACCELERATED CELL DEATH 6-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向2136748 - 2141540 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012579
GeneID131012579
locus_tag-
NCBI NameLOC131012579
原始查询SmilChr02G000165

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein ACCELERATED CELL DEATH 6-like
产物protein ACCELERATED CELL DEATH 6-like
ArabidopsisAT1G03670 (AT1G03670)
ankyrin repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839438]
identity=36.2; qcov=1; evalue=9.7e-113; confidence=medium
RiceOs07g0193200
-
identity=30.5; qcov=0.956; evalue=1.06e-62; confidence=low
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0008157 (protein phosphatase 1 binding); GO:0019888 (protein phosphatase regulator activity); GO:0035304 (GO:0035304)
KEGG-
PfamPF00023 (Ank); PF12796 (Ank_2); PF13962 (PGG)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012579

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057796544.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796544.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796544.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796544.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057796544.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:2138774 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C36
Chr2:2140184 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B126,B64

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796544.1
594 aa
N
1
297
594
Ank_2
Ank_2
Ank
Ank_2
Ank
Ank_2
Ank
Ank_2
PGG
C
PF12796 Ank_2 56-117 aa PF12796 Ank_2 91-153 aa PF00023 Ank 95-116 aa PF12796 Ank_2 126-187 aa PF00023 Ank 131-152 aa PF12796 Ank_2 169-257 aa PF00023 Ank 234-255 aa PF12796 Ank_2 264-323 aa PF13962 PGG 428-537 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796544.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 56 117 4.1e-50 169.0 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057796544.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 91 153 4.1e-50 169.0 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057796544.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 95 116 9.4e-37 123.7 Ankyrin repeat
XP_057796544.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 126 187 4.1e-50 169.0 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057796544.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 131 152 9.4e-37 123.7 Ankyrin repeat
XP_057796544.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 169 257 4.1e-50 169.0 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057796544.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 234 255 9.4e-37 123.7 Ankyrin repeat
XP_057796544.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 264 323 4.1e-50 169.0 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057796544.1 Pfam PF13962 PGG Domain 428 537 9.5e-32 109.9 Domain of unknown function

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940561.1
GGAGTATAATTTATCAAAAAAAAGAATATTGATATCCCTATACACAAGCACGCAGCGGCGTCCAAAAAACAAAGAAATTATCAAATTCAAATATACTTTATGACACCATCAAATACAAAATACAACGATCCTTTTCTTTTCCTATTTTTGGGCTTCATGAGGCTCGAATATGAATGAGCTTTTAATGTTTAAGCTTCACTTTGGCCGTGTATAAACAAATCCTAACTGGAAAGACTAAATTAAAAGAAGAGTGAAAAAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012579
ATGTCGGTGCCCAAATATCCTGGTTTGCTCGACGAAGAGGAGAGTTATGAGACTGCACAAACCATGGACCCAAAGTTATATAGAGCAATAATGAAAGATGACATTCTTGAATTCGTGAGAGCAATGGATTGTGATCGACAGCACGGGCCAACAGTTTCTTGCATGCAATTAGGTCCACAGAACAAGACAGTGCTGCACGTAGCAACAACCTATGCGAGTTACGAAATTGTCAAACTAATCTGCAAGGACTTACCTGACTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796544.1
MSVPKYPGLLDEEESYETAQTMDPKLYRAIMKDDILEFVRAMDCDRQHGPTVSCMQLGPQNKTVLHVATTYASYEIVKLICKDLPDLVAEKNARGDTALHIAARAGSSRLVTLLVNSDFGEGGLREKNEEGNTALHEALKYGHEEVARILINRKPEMPYSLNKEGKSLLYLAAGAGFLTIVRLLMDNPVGNYSSGAKHKSKSPVFAAILGHNIDVIKLLWEKDPSMFQLRNGKGKSPLHAAVCMGFTEGVKFLLDRQFEF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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