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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000211

染色体: Chr02 坐标: 2749072-2751556 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000211
名称SmilChr02G000211
描述uncharacterized SmilChr02G000211
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向2749072 - 2751556 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012615
GeneID131012615
locus_tag-
NCBI NameLOC131012615
原始查询SmilChr02G000211

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述DNA repair metallo-beta-lactamase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839631]; symbol=AT1G27410; hit=AT1G27410; species=arabidopsis; confidence=high
产物DNA repair metallo-beta-lactamase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839631]; symbol=AT1G27410; hit=AT1G27410; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G27410 (AT1G27410)
DNA repair metallo-beta-lactamase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839631]
identity=56.4; qcov=0.895; evalue=1.04e-147; confidence=high
RiceOs01g0783400
-
identity=58.2; qcov=0.397; evalue=3.25e-61; confidence=low
GOGO:0003684 (damaged DNA binding); GO:0006303 (double-strand break repair via nonhomologous end joining); GO:0031848 (protection from non-homologous end joining at telomere); GO:0035312 (5'-3' DNA exonuclease activity); GO:0036297 (interstrand cross-link repair)
KEGG-
PfamPF07522 (DRMBL)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012615

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057796582.1
2 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057796582.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796582.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796582.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057796582.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:2749283 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr2:2749698 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 A11,B1,B78
Chr2:2749698 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,B1,B78
Chr2:2749709 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B62
Chr2:2749736 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75
Chr2:2749833 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B37,B6,C43,C63
Chr2:2749865 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B110,B17,B28
Chr2:2749865 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B110,B17,B28
Chr2:2750774 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 41 A1,A2,B107,B110,B113,B114,B12,B120,B137,B19,B2,B22,B24,B25,B29,B30,B32,B33,B38,B39,B4,B60,B62,B63,B69,B72,B79,B91,B95,C16,C17,C19,C27,C30,C31,C35,C42,C49,C60,C86,D3
Chr2:2750843 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C6,D11
Chr2:2750845 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B114,B33,B67,C49,C86
Chr2:2750881 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796582.1
428 aa
N
1
214
428
DRMBL
C
PF07522 DRMBL 220-332 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796582.1 Pfam PF07522 DRMBL Domain 220 332 1.2e-10 42.3 DNA repair metallo-beta-lactamase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940599.1
AAATTTATTTTCAGAATCTCCCGCCCAAAAAAAAGAAAAAAGACTTAGATAGTAATACATTCCATTAAGCATTCGCGCCGCGATTTCTCCGGTCGCCGCAAAGGTCAATTCCACCGCCGCAGCAGCTCGAAAAAAGCATCTCCGATGGAGAGCGGAATGATATCGGTCGACAGATGGACGGCCGGCAGCCAGGCATACTTCCTGACCCACCTCCACGCCGACCACACCGCCGGACTCTCCGGCGCCTGGCGGCACGGCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012615
ATGGAGAGCGGAATGATATCGGTCGACAGATGGACGGCCGGCAGCCAGGCATACTTCCTGACCCACCTCCACGCCGACCACACCGCCGGACTCTCCGGCGCCTGGCGGCACGGCCCGCTCTTTTGCTCCCGCCTCACGGCCAAGCTTATCCCCTGCAAGTTCCCGGGCTTCGATCTCTCCCTCCTCCGCATCGTCGACATCGGCAGCTGGCATTCGCTCTCCCTCACCTCCCCTTCGTCTGGCTCCCGCGTCGATTTCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796582.1
MESGMISVDRWTAGSQAYFLTHLHADHTAGLSGAWRHGPLFCSRLTAKLIPCKFPGFDLSLLRIVDIGSWHSLSLTSPSSGSRVDFAFKAIDAQHCPGSVMYLFRGESGCTLHTGDFRWETSSLSTENGRAVLLDALKDQTLDTLYLDNTYCNPDYSFPPREVAAKQIVEIITSHPNDDIVIPIYSLGKEDLLLYISQALNMKIWVWPERLQIMHLLGFHENFTTQTSLTRVRAIPHYSFSSDTLKELNEFHGPTIGIMP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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