Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000392`

染色体: Chr02 坐标: 4860053-4863988 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000392`
名称	SmilChr02G000392
描述	polyamine oxidase 2-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	4860053 - 4863988 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012736`
GeneID	`131012736`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012736`
原始查询	`SmilChr02G000392`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	polyamine oxidase 2-like
产物	polyamine oxidase 2-like
Arabidopsis	`AT2G43020` (PAO2) polyamine oxidase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818904] identity=79; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0623300` (PAO3) - identity=72.5; qcov=0.969; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005777 (peroxisome); GO:0006598 (polyamine catabolic process); GO:0046592 (polyamine oxidase activity)
KEGG	smil00330 (Arginine and proline metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00410 (beta-Alanine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00770 (Pantothenate and CoA biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00890 (FAD_binding_2); PF01593 (Amino_oxidase); PF13450 (NAD_binding_8)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012736

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057796717.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057796717.1`
3	Peroxisome	过氧化物酶体	0.40000	`XP_057796717.1`
4	Chloroplast	叶绿体	0.20000	`XP_057796717.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057796717.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:4860446`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B72
`Chr2:4860507`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	A22
`Chr2:4860507`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	A22
`Chr2:4860568`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B64,C82
`Chr2:4860603`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B61,B75
`Chr2:4860869`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B132,B25,C68
`Chr2:4860876`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B108,B92,C61,C85
`Chr2:4860948`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B47,B70,C32
`Chr2:4860983`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr2:4861134`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B136
`Chr2:4861158`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A7,B64,C74,C82,D8
`Chr2:4862848`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B66,C78,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796717.1

491 aa

246

491

FAD_binding_2

NAD_binding_8

Amino_oxidase

PF00890 FAD_binding_2 30-73 aa PF13450 NAD_binding_8 32-88 aa PF01593 Amino_oxidase 37-456 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057796717.1`	Pfam	`PF00890`	FAD_binding_2	Domain	30	73	7.2e-09	36.0	FAD binding domain
`XP_057796717.1`	Pfam	`PF13450`	NAD_binding_8	Domain	32	88	1.1e-14	55.1	NAD(P)-binding Rossmann-like domain
`XP_057796717.1`	Pfam	`PF01593`	Amino_oxidase	Domain	37	456	2.5e-92	311.2	Flavin containing amine oxidoreductase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940734.1
AAAAATATTGTAGAAACTACCTAACTTTTCCATCTCTCTCCTCTCAAAAAAATCCATACTTCATCTCTCTTCAATCTCTCATTCATCATCGCAGCAATTTCTCCCCGCAAATCCCAACTGTTTTGGTTCCAAATTCGTTGAAAATTTGAGTAGCAAGGTGAAGCTGCGGAGGTCAACAATTTCATCACTTCCGTCATCCATTACTCTCAAACATATCCCTTTCCGTTGTCCCCTTCAGCTGCTGAGCTGCTGCAGAATTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012736
ATGGAGTCGAGGAATAAGGGCAGTCGCCAGCTCGAAAGAGCTGTTTGCTATTCAAACTTTGAGAGGAAGTCTATGGCATCGCCATCTGTTATTGTTATAGGTGCCGGTTTTGCCGGCATTGCAGCTGCACGAGCTCTGCATGATGCGGAATTTCAGGTAGTTGTACTCGAATCACGTGATAGAATAGGTGGAAGAGTGCACACCGACTATTCTTTTGGTTTCCCAGTTGATTTGGGTGCTTCATGGTTACATGGTGTTTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057796717.1
MESRNKGSRQLERAVCYSNFERKSMASPSVIVIGAGFAGIAAARALHDAEFQVVVLESRDRIGGRVHTDYSFGFPVDLGASWLHGVCKENPLAPVIGRLGLPLYRTSGDNSVLYDHDLESYALFDMDGEQVSPDLVAKVGETFESILKETELIRQEFSEDMSIKRALSIAVDRRPDLRLEGLGHKVLQWYLCRMEGWFSADSDTISLRGWDQEELLPGGHGLMVRGYRPVINTLAKGLDIRLGHRVIKVVRRYNGVKVTV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器