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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000608

染色体: Chr02 坐标: 8871483-8876780 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000608
名称SmilChr02G000608
描述uncharacterized SmilChr02G000608
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向8871483 - 8876780 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012940
GeneID131012940
locus_tag-
NCBI NameLOC131012940
原始查询SmilChr02G000608

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Peptidase S24/S26A/S26B/S26C family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820050]; symbol=AT3G08980; hit=AT3G08980; species=arabidopsis; confidence=high
产物Peptidase S24/S26A/S26B/S26C family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820050]; symbol=AT3G08980; hit=AT3G08980; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G08980 (AT3G08980)
Peptidase S24/S26A/S26B/S26C family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820050]
identity=61.8; qcov=0.952; evalue=2.16e-65; confidence=high
RiceOs04g0165600 (OsSigP3)
-
identity=52.2; qcov=0.952; evalue=7.03e-53; confidence=high
GOGO:0004252 (serine-type endopeptidase activity); GO:0006465 (GO:0006465); GO:0006627 (GO:0006627); GO:0016020 (membrane); GO:0033108 (mitochondrial respiratory chain complex assembly); GO:0042720 (mitochondrial inner membrane peptidase complex)
KEGGsmil03060 (Protein export - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF10502 (Peptidase_S26)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012940

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057796897.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057796897.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 1.00000 XP_057796897.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796897.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796897.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:8875364 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C84
Chr2:8875367 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B17,B30,C33
Chr2:8875547 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr2:8875549 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr2:8875552 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:8875595 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13
Chr2:8875603 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796897.1
165 aa
N
1
82
165
Peptidase_S26
Peptidase_S26
C
PF10502 Peptidase_S26 8-102 aa PF10502 Peptidase_S26 102-149 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796897.1 Pfam PF10502 Peptidase_S26 Domain 8 102 6.5e-24 85.5 Signal peptidase, peptidase S26
XP_057796897.1 Pfam PF10502 Peptidase_S26 Domain 102 149 6.5e-24 85.5 Signal peptidase, peptidase S26

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XR_009097537.1
TACTTTTTCTCCCCATTTTTGAATTCAGTCCTAGTTTCTCTATCCTAAATTCCTACGCCTCTCGCCTTCATCCCGCATTCTCACCTCTGCCGCCGTCTGCGCTCCCTTTGTAGCCCCTGCCGCTATCTTACACTCTCGCCTCTGCCGGGCGCCGCCTCAGCGTCGCGTCGGCAGCCGGAGATTCCGAAACCGAACAGTCATCGTTCACCTTCTTCTCCGAAGATCCGAAATCCGCTGGCGGCATGCATAGTGGAATAGTG...
XR_009097534.1
TACTTTTTCTCCCCATTTTTGAATTCAGTCCTAGTTTCTCTATCCTAAATTCCTACGCCTCTCGCCTTCATCCCGCATTCTCACCTCTGCCGCCGTCTGCGCTCCCTTTGTAGCCCCTGCCGCTATCTTACACTCTCGCCTCTGCCGGGCGCCGCCTCAGCGTCGCGTCGGCAGCCGGAGATTCCGAAACCGAACAGTCATCGTTCACCTTCTTCTCCGAAGATCCGAAATCCGCTGGCGGCATGCATAGTGGAATAGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012940
ATGTCTCAAAACTTTCTGTTGGATGCAGCCAAAAAGTATTTCACTGCAGGCATAGTTGGCCTCACGATTTCCGACCGATATGCTAGTTTTACAGCTGTTCGTGGTCCATCCATGTCTCCGACTTTCAATCCCCATATTAACAGCTCGACCAGATCTTCATTTGATGACTACGTATTGGTTGAGAAATTCTGCCTTGACAAGTACAAGTTCTCACGTGGCGATGTCGTAATTTTTCGTTCCCCAAGTGATTATAAGGAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796897.1
MSQNFLLDAAKKYFTAGIVGLTISDRYASFTAVRGPSMSPTFNPHINSSTRSSFDDYVLVEKFCLDKYKFSRGDVVIFRSPSDYKEKHIKRIVGLPGDWIDLPSLDDTVRIPVGHCWVVGDNSACSLDSRSFGPIPLGLICGRVTHIIWPPHRIGGVNKKTNAFA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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