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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000623

染色体: Chr02 坐标: 9216415-9217681 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000623
名称SmilChr02G000623
描述probable dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 3B
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向9216415 - 9217681 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012947
GeneID131012947
locus_tag-
NCBI NameLOC131012947
原始查询SmilChr02G000623

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 3B
产物probable dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 3B
ArabidopsisAT1G61790 (AT1G61790)
Oligosaccharyltransferase complex/magnesium transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842476]
identity=64.5; qcov=0.91; evalue=1.73e-150; confidence=high
RiceOs03g0565100 (OST3)
-
identity=60.4; qcov=0.91; evalue=9.13e-141; confidence=high
GOGO:0008250 (oligosaccharyltransferase complex); GO:0018279 (GO:0018279)
KEGGsmil00510 (N-Glycan biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00513 (Various types of N-glycan biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF04756 (OST3_OST6)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012947

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057796912.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057796912.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796912.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796912.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796912.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:9216737 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B12,B31,B57,C49
Chr2:9216740 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B26,B29,B97,C5
Chr2:9217000 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A4,B45,B90,B92,C12
Chr2:9217016 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr2:9217488 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B29
Chr2:9217559 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B40,C78,D5
Chr2:9217579 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B36,B99,C14,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796912.1
344 aa
N
1
172
344
OST3_OST6
C
PF04756 OST3_OST6 37-333 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796912.1 Pfam PF04756 OST3_OST6 Family 37 333 2.6e-78 264.1 OST3 / OST6 family, transporter family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940929.1
ATGGCGATCTCTCCGACCACGGTCGCCGTCGCCGCTCTCCTCCTCATCACCTACCTCTCTATCCTCACGACCCCCGCCACATCCCTCTCCTCCGACCCCCTCGTCGCGGAGCTCTCCGCCCTCCAATCCCAGTCCCCCACCGGAGTCATCCGCCTCTCCGACGCCCTCCTCCGCCGCATCCTCTCCCTCCCCACCCCGCGCCCATTCCACGCCCTAATCTTCTTCGACGCGCACCAGCTCCACTCCAAGCCCGAGCTCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012947
ATGGCGATCTCTCCGACCACGGTCGCCGTCGCCGCTCTCCTCCTCATCACCTACCTCTCTATCCTCACGACCCCCGCCACATCCCTCTCCTCCGACCCCCTCGTCGCGGAGCTCTCCGCCCTCCAATCCCAGTCCCCCACCGGAGTCATCCGCCTCTCCGACGCCCTCCTCCGCCGCATCCTCTCCCTCCCCACCCCGCGCCCATTCCACGCCCTAATCTTCTTCGACGCGCACCAGCTCCACTCCAAGCCCGAGCTCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796912.1
MAISPTTVAVAALLLITYLSILTTPATSLSSDPLVAELSALQSQSPTGVIRLSDALLRRILSLPTPRPFHALIFFDAHQLHSKPELSLPTLKSEFALVSASFKSNNPDFKSKLFFFEIEFQESQSSFALFGVNSLPHIRLIPPSASDVKTDSVQMDAADYSRLADSMAEFIESRAKLTVGPIHRPPVVSKKQIAFIVVVILIWTPFFLKKLIAGNTIFHDKNIWMAGAVFVYFFSVSGAMFNIIRKMPIFIADRQDPSKL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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