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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000804

染色体: Chr02 坐标: 13412868-13420129 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000804
名称SmilChr02G000804
描述protein PUTATIVE RECOMBINATION INITIATION DEFECT 1
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向13412868 - 13420129 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011275
GeneID131011275
locus_tag-
NCBI NameLOC131011275
原始查询SmilChr02G000804

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein PUTATIVE RECOMBINATION INITIATION DEFECT 1
产物protein PUTATIVE RECOMBINATION INITIATION DEFECT 1
ArabidopsisAT4G14180 (PRD1)
putative recombination initiation defect 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827058]
identity=41.3; qcov=1.03; evalue=0; confidence=medium
RiceOs04g0347800 (OsSTA121)
-
identity=39.3; qcov=0.917; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0042138 (meiotic DNA double-strand break formation)
KEGG-
PfamPF26724 (TPR_PRD1); PF30216 (TPR_PRD1_C); PF30261 (TPR_PRD1_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011275

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057795045.1
2 Nucleus membrane 核膜 0.60000 XP_057795045.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057795045.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795045.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795045.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:13413146 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr2:13413712 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B28,B54,C15
Chr2:13413863 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B111,B19,B35,B49,B59
Chr2:13413957 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B111,B19,B35,B49,B59
Chr2:13414130 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:13414165 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B102,C76
Chr2:13414250 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A8,B5,B72,B77,C14
Chr2:13414301 G GTA 2bp_insertion frameshift_variant 1 C14
Chr2:13414301 G GTA 2bp_insertion CDS_variant 1 C14
Chr2:13414306 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B111,B19,B35,B49,B59
Chr2:13414769 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A22,B37,B6,C63
Chr2:13414953 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795045.1
1301 aa
N
1
650
1301
TPR_PRD1_N
TPR_PRD1
TPR_PRD1_C
C
PF30261 TPR_PRD1_N 17-580 aa PF26724 TPR_PRD1 589-787 aa PF30216 TPR_PRD1_C 800-1289 aa
XP_057795046.1
1292 aa
N
1
646
1292
TPR_PRD1_N
TPR_PRD1
TPR_PRD1_C
C
PF30261 TPR_PRD1_N 17-580 aa PF26724 TPR_PRD1 589-778 aa PF30216 TPR_PRD1_C 791-1280 aa
XP_057795047.1
1258 aa
N
1
629
1258
TPR_PRD1_N
TPR_PRD1
TPR_PRD1_C
TPR_PRD1_C
C
PF30261 TPR_PRD1_N 17-580 aa PF26724 TPR_PRD1 589-787 aa PF30216 TPR_PRD1_C 800-927 aa PF30216 TPR_PRD1_C 925-1246 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795045.1 Pfam PF30261 TPR_PRD1_N Repeat 17 580 3.1e-245 815.9 PRD1-like, TPR repeats
XP_057795045.1 Pfam PF26724 TPR_PRD1 Repeat 589 787 5.5e-90 301.1 PRD1-like, TPR repeats
XP_057795045.1 Pfam PF30216 TPR_PRD1_C Repeat 800 1289 4.1e-202 672.8 PRD1-like, TPR repeats
XP_057795046.1 Pfam PF30261 TPR_PRD1_N Repeat 17 580 3.1e-245 815.9 PRD1-like, TPR repeats
XP_057795046.1 Pfam PF26724 TPR_PRD1 Repeat 589 778 6.8e-79 264.9 PRD1-like, TPR repeats
XP_057795046.1 Pfam PF30216 TPR_PRD1_C Repeat 791 1280 4.1e-202 672.8 PRD1-like, TPR repeats
XP_057795047.1 Pfam PF30261 TPR_PRD1_N Repeat 17 580 1.9e-245 816.6 PRD1-like, TPR repeats
XP_057795047.1 Pfam PF26724 TPR_PRD1 Repeat 589 787 5.2e-90 301.2 PRD1-like, TPR repeats
XP_057795047.1 Pfam PF30216 TPR_PRD1_C Repeat 800 927 1.6e-173 578.5 PRD1-like, TPR repeats
XP_057795047.1 Pfam PF30216 TPR_PRD1_C Repeat 925 1246 1.6e-173 578.5 PRD1-like, TPR repeats

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939063.1
ACTCAGCAATAATCTATTTTGGTTTAATCGCACCGCTCCAACAGCACAAATCACACACTTTCCCGCCTTCAGTTTGAAAAATCAGTCCATCAAAGTATGTACTGCAGCATCGCCACTCCGCCGCTACAGCCGGCGCTGCAGACCTGCACTCAGGGCCACCGCTCCGTCCTCATTCTCCCCACGGAGGAGGGCGGCTCAATCTGTCTCCTCTGCCTCTCCGATCTCCTCTCTAACCCCAAATCCCCCACAATTCACGTCTC...
XM_057939064.1
ACTCAGCAATAATCTATTTTGGTTTAATCGCACCGCTCCAACAGCACAAATCACACACTTTCCCGCCTTCAGTTTGAAAAATCAGTCCATCAAAGTATGTACTGCAGCATCGCCACTCCGCCGCTACAGCCGGCGCTGCAGACCTGCACTCAGGGCCACCGCTCCGTCCTCATTCTCCCCACGGAGGAGGGCGGCTCAATCTGTCTCCTCTGCCTCTCCGATCTCCTCTCTAACCCCAAATCCCCCACAATTCACGTCTC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131011275
ATGTACTGCAGCATCGCCACTCCGCCGCTACAGCCGGCGCTGCAGACCTGCACTCAGGGCCACCGCTCCGTCCTCATTCTCCCCACGGAGGAGGGCGGCTCAATCTGTCTCCTCTGCCTCTCCGATCTCCTCTCTAACCCCAAATCCCCCACAATTCACGTCTCCTACGCCCTTTCCCAGCTCTCTCAAGCCCTTGATCAGCCTCACTTCTTCCGATCTCTTCTCACTTTCCACTCTCACTTCCTCGTTTCCCCCCTCGT...
LOC131011275
ATGTACTGCAGCATCGCCACTCCGCCGCTACAGCCGGCGCTGCAGACCTGCACTCAGGGCCACCGCTCCGTCCTCATTCTCCCCACGGAGGAGGGCGGCTCAATCTGTCTCCTCTGCCTCTCCGATCTCCTCTCTAACCCCAAATCCCCCACAATTCACGTCTCCTACGCCCTTTCCCAGCTCTCTCAAGCCCTTGATCAGCCTCACTTCTTCCGATCTCTTCTCACTTTCCACTCTCACTTCCTCGTTTCCCCCCTCGT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057795045.1
MYCSIATPPLQPALQTCTQGHRSVLILPTEEGGSICLLCLSDLLSNPKSPTIHVSYALSQLSQALDQPHFFRSLLTFHSHFLVSPLVAVLSNLDDEPIAKQSIDLIKILCDGSGNNCDGNQDLHREFVARVSDCLSSGSLAWSRRQLYMVHCFGVVLDNPDSNLYTCIKNKDALILNLVTGLQLSNDEIQGEIMFVLYRLSLLQYSHMDGCGADVLLSYCPKLFQVSLNILMKSQSDDVRLNCLAFLTVLVQRGFFQTAC...
XP_057795046.1
MYCSIATPPLQPALQTCTQGHRSVLILPTEEGGSICLLCLSDLLSNPKSPTIHVSYALSQLSQALDQPHFFRSLLTFHSHFLVSPLVAVLSNLDDEPIAKQSIDLIKILCDGSGNNCDGNQDLHREFVARVSDCLSSGSLAWSRRQLYMVHCFGVVLDNPDSNLYTCIKNKDALILNLVTGLQLSNDEIQGEIMFVLYRLSLLQYSHMDGCGADVLLSYCPKLFQVSLNILMKSQSDDVRLNCLAFLTVLVQRGFFQTAC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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