当前解析结果
SmilChr02G000954| 统一新 Gene ID | SmilChr02G000954 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G000954 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G000954 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 16569435 - 16570352 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131011390 |
|---|---|
| GeneID | 131011390 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131011390 |
| 原始查询 | SmilChr02G000954 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os12g0597300; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os12g0597300; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | AT1G06740 (MUG3)MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3766669] identity=23.1; qcov=0.945; evalue=3.97e-12; confidence=weak |
| Rice | Os12g0597300- identity=27.4; qcov=0.95; evalue=2.42e-20; confidence=low |
| GO | GO:0008270 (zinc ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04434 (SWIM) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131011390 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057795182.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057795182.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057795182.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057795182.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057795182.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:16569553 |
TA |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 42 | A1,A10,A11,A22,A25,A5,B103,B117,B125,B128,B13,B134,B139,B15,B19,B20,B21,B37,B47,B50,B61,B68,B72,B73,B81,C23,C29,C39,C42,C55,C58,C59,C60,C63,C64,C66,C69,C72,C80,C81,C85,C87 |
Chr2:16569564 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B137 |
Chr2:16569606 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,B32 |
Chr2:16569620 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,B32 |
Chr2:16569631 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C43 |
Chr2:16569633 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A8,B60,C28 |
Chr2:16569634 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C45 |
Chr2:16569687 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B41 |
Chr2:16569688 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | B104 |
Chr2:16569688 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr2:16569706 |
G |
GGC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 125 | A10,A13,A16,A19,A20,A21,A24,A3,A8,A9,B1,B10,B100,B101,B102,B106,B107,B109,B11,B110,B115,B119,B12,B121,B126,B127,B128,B129,B130,B131,B133,B134,B135,B137,B138,B139,B140,B18,B19,B2,B22,B23,B24,B25,B31,B32,B33,B34,B37,B39,B4,B40,B42,B43,B45,B46,B48,B5,B53,B54,B55,B59,B60,B63,B65,B67,B74,B75,B76,B77,B79,B80,B82,B86,B88,B9,B91,B99,C14,C17,C18,C19,C20,C21,C22,C25,C27,C28,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C35,C36,C38,C41,C43,C44,C45,C46,C47,C49,C51,C52,C54,C57,C6,C61,C68,C75,C77,C78,C8,C83,C86,C87,C9,D3,D4,D5,D6,D7,D9 |
Chr2:16569708 |
C |
CG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 43 | A19,A2,A7,B1,B105,B112,B114,B122,B123,B13,B17,B18,B26,B36,B51,B56,B6,B62,B7,B77,B83,B88,B95,B96,C13,C14,C16,C22,C26,C34,C39,C56,C61,C64,C66,C67,C70,C78,C81,C82,C85,D7,D8 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057795182.1PF04434
SWIM 98-128 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057795182.1 |
Pfam | PF04434 |
SWIM | Domain | 98 | 128 | 1.7e-08 | 34.5 | SWIM zinc finger |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。