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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001006`

染色体: Chr02 坐标: 17747370-17751640 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001006`
名称	SmilChr02G001006
描述	uncharacterized SmilChr02G001006
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	17747370 - 17751640 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008078`
GeneID	`131008078`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008078`
原始查询	`SmilChr02G001006`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os08g0315200` - identity=30.6; qcov=0.34; evalue=1.34e-22; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00098 (zf-CCHC); PF03732 (PEG10_N-capsid); PF08284 (RVP_2); PF30863 (PRO_PEG10-RTL1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008078

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057790961.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057790961.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057790961.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790961.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790961.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:17750193`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C36
`Chr2:17750193`	`TA`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C36
`Chr2:17750437`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A13,C30,C74
`Chr2:17750440`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A8,C76
`Chr2:17750459`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	B34,C12,C8
`Chr2:17750459`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B34,C12,C8
`Chr2:17750463`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A11,C76
`Chr2:17750477`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B62
`Chr2:17750477`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B62
`Chr2:17750480`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B135,B34,C12,C8
`Chr2:17750552`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	13	B125,B138,B52,B58,B87,B90,B92,C1,C21,C7,C73,C79,C82
`Chr2:17750654`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B104,B86,C7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790961.1

509 aa

254

509

PEG10_N-capsid

zf-CCHC

RVP_2

PRO_PEG10-RTL1

PF03732 PEG10_N-capsid 61-141 aa PF00098 zf-CCHC 296-311 aa PF08284 RVP_2 330-461 aa PF30863 PRO_PEG10-RTL1 363-459 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790961.1`	Pfam	`PF03732`	PEG10_N-capsid	Domain	61	141	2.3e-13	51.0	Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain
`XP_057790961.1`	Pfam	`PF00098`	zf-CCHC	Domain	296	311	0.00016	22.4	Zinc knuckle
`XP_057790961.1`	Pfam	`PF08284`	RVP_2	Domain	330	461	4.4e-31	108.2	Retroviral aspartyl protease
`XP_057790961.1`	Pfam	`PF30863`	PRO_PEG10-RTL1	Domain	363	459	1.5e-10	42.2	PEG10/RTL1 protease domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934978.1
TTTTCCTACACTCATATCTCTCCAATCTCTCATTCTCTCTCATTCCTAGCATATCACCACTCTTCACTCATTCTCTCATTTAATTTCCAGCAGCTAATTAAGGAGTGGCGCATCCAAGGCTCGAGGAGGACAACCGAAGCAAGCTTGAAGAGGTTTGAATTCAATCACTTAAGTTAAAGGATAATGCCCCCGCGACGCGCTCCGGAAGATGAGCAGCGAGCCCCACCTGTGAATAACAATGGGGTTGATTTTGCTCAATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008078
ATGCCCCCGCGACGCGCTCCGGAAGATGAGCAGCGAGCCCCACCTGTGAATAACAATGGGGTTGATTTTGCTCAATTTCTACTAGCTCTCCAAAGCTTTATGCAGCAACAACAAGATGGTGGCATGAATACTGGACAACCTCGAGTAAGGAATTTTGAAATTATTGAACAGTTTCGAAGGATGGGTCCACCAAGATTTAAGGGAACCGAAGGGCCTGAAGACACGGAAGAATGGATTCGTGAGCTCGAACGAATATTTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790961.1
MPPRRAPEDEQRAPPVNNNGVDFAQFLLALQSFMQQQQDGGMNTGQPRVRNFEIIEQFRRMGPPRFKGTEGPEDTEEWIRELERIFELMGCSEEQKVSCAIYQLAEEASHWWESHARTLTLEQRQALVWKDFKELIMDRYFPQSYITQKETEFLNLKQGNMTLVDYERKFNKLSRYAPYLVDTDVKKARRFEQGLRPEICGIISALRLPTYREVIDRAQAVSNGLQLEIKDQQHRDSFGKRKWEDFGKGKNAPTNKKWQP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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