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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001336

染色体: Chr02 坐标: 24831513-24832456 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001336
名称SmilChr02G001336
描述desiccation protectant protein Lea14 homolog
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向24831513 - 24832456 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007813
GeneID131007813
locus_tag-
NCBI NameLOC131007813
原始查询SmilChr02G001336

查看完整 ID 对照表

文献序列与新 ID 证据

这些记录来自论文中明确给出的 accession，并通过序列比对映射到当前参考版本。网站定位属于计算预测；论文中的实验定位和互作单独列出。

论文基因名Accession当前 ID比对置信度来源
SmLEA
P016; 2014		 AY725206 LOC131007813
SmilChr02G001336
GeneID 131007813		 protein; identity 100.0%; coverage 100.0% Exact or near-exact sequence match DOI

打开完整文献证据

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述desiccation protectant protein Lea14 homolog
产物desiccation protectant protein Lea14 homolog
ArabidopsisAT2G46140 (AT2G46140)
Late embryosis abundant protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819221]
identity=59.5; qcov=0.902; evalue=1.78e-58; confidence=high
RiceOs01g0225600 (Lea14A)
-
identity=49.7; qcov=0.909; evalue=1.26e-52; confidence=high
GOGO:0005829 (cytosol); GO:0009269 (response to desiccation)
KEGG-
PfamPF03168 (LEA_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007813

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.80000 XP_057790712.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057790712.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790712.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790712.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790712.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:24831775 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,B100,B17,B48,C21
Chr2:24831785 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,B100,B17,B48,C21
Chr2:24831786 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,B100,B17,B48,C21
Chr2:24831797 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:24831820 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B131,B46,B72,B91
Chr2:24831829 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr2:24831837 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr2:24831844 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr2:24831856 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B32,B77,C57
Chr2:24831871 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B130,C46
Chr2:24831891 C CGA 2bp_insertion frameshift_variant 23 A14,A21,B1,B100,B105,B119,B134,B17,B43,B50,B51,B6,B7,B76,C18,C38,C43,C45,C47,C48,C67,C8,C86
Chr2:24831893 AAG A 2bp_deletion frameshift_variant 22 A14,A21,B1,B100,B105,B119,B134,B17,B43,B50,B51,B6,B7,B76,C18,C38,C43,C45,C47,C67,C8,C86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790712.1
164 aa
N
1
82
164
LEA_2
C
PF03168 LEA_2 43-138 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790712.1 Pfam PF03168 LEA_2 Domain 43 138 4e-23 82.5 Late embryogenesis abundant protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934729.1
AAAAAAGGTGTGTTAAATATTAGTATATTAATAGAATGATAATTAAGACAGGCATGAATTGCTCTTTGTGACAGTTTGGAAAATTAAGCAGAGATCTCAAAACGCGGGTTTCCCACTGCCTGTTTTTAAAACTAACGCGTCCCTTTAAAACTTGTAGTATTACTCTTTCGCTCGCACACACACACGTACACGTATACTATAAATAATCATCGCAGCTGCAACCCTAAAATCAAAATCAATCCCCCATTCGAAAAATGGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007813
ATGGAGCTCTTGGAGAAGGCGAAGAACTACGTGACCGAGAAATTGACGAACGTGGCGGTGCCGGAGGCGACGATCGCGGACGTGGATCTGAAAGGCTTCGGCCTCGATGGAATCACACTGCTCGCCAAGGTCACCGTCTCCAACCCGTACGGCGTCCCGATCCCGATCGGCGAGATCGCGTACGCCGTGAAGAGCAACGAGAGGGTGATCGCGTCCGGCACCATCCCCGACCCCGGATCTCTCAAGGCCAGCGACAGCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790712.1
MELLEKAKNYVTEKLTNVAVPEATIADVDLKGFGLDGITLLAKVTVSNPYGVPIPIGEIAYAVKSNERVIASGTIPDPGSLKASDSTHLEVTVKVPHSAAISLVRDIGGDWDIDYTLALGLIIDLPVVGNITIPISYQGEMKLPSISDFFSGTSGEANENVEVK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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