当前解析结果
SmilChr02G001415| 统一新 Gene ID | SmilChr02G001415 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G001415 |
| 描述 | G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase SD1-1 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 26763809 - 26765406 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131008203 |
|---|---|
| GeneID | 131008203 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131008203 |
| 原始查询 | SmilChr02G001415 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase SD1-1 |
| 产物 | G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase SD1-1 |
| Arabidopsis | AT1G11340 (AT1G11340)G-type lectin S-receptor-like Serine/Threonine-kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837676] identity=34.5; qcov=1.01; evalue=4.68e-48; confidence=low |
| Rice | Os04g0632901- identity=33.7; qcov=0.954; evalue=3.91e-45; confidence=low |
| GO | GO:0048544 (recognition of pollen) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00954 (S_locus_glycop); PF08276 (PAN_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131008203 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.80000 | XP_057791078.1 |
| 2 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.20000 | XP_057791078.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057791078.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057791078.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057791078.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:26763911 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B93 |
Chr2:26764086 |
TA |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B35 |
Chr2:26764086 |
TA |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B35 |
Chr2:26764098 |
CG |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B35 |
Chr2:26764098 |
CG |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B35 |
Chr2:26764536 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | B64 |
Chr2:26764536 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B64 |
Chr2:26764631 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B20 |
Chr2:26764647 |
TA |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 15 | B104,B11,B133,B42,B43,B46,B57,B88,B93,C10,C50,C51,C77,D11,D3 |
Chr2:26764684 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | C32,C68 |
Chr2:26764684 |
C |
CT |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | C32,C68 |
Chr2:26764803 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A5,B137,D4 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057791078.1PF00954
S_locus_glycop 16-82 aa
PF08276
PAN_2 103-169 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057791078.1 |
Pfam | PF00954 |
S_locus_glycop | Domain | 16 | 82 | 2.9e-13 | 51.1 | S-locus glycoprotein domain |
XP_057791078.1 |
Pfam | PF08276 |
PAN_2 | Domain | 103 | 169 | 4.5e-20 | 72.3 | PAN-like domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。