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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001458

染色体: Chr02 坐标: 27269857-27271157 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001458
名称SmilChr02G001458
描述G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase SD1-1
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向27269857 - 27271157 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007707
GeneID131007707
locus_tag-
NCBI NameLOC131007707
原始查询SmilChr02G001458

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase SD1-1
产物G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase SD1-1
ArabidopsisAT4G27300 (AT4G27300)
S-locus lectin protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828838]
identity=56.8; qcov=1; evalue=1.67e-86; confidence=high
RiceOs01g0784200
-
identity=53; qcov=0.996; evalue=3.97e-90; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007707

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057790625.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057790625.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790625.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790625.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790625.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:27270022 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 6 B112,B118,B124,B22,B41,C51
Chr2:27270225 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B105,B79,C29,C55
Chr2:27270331 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C12,C22,C54
Chr2:27270339 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B126
Chr2:27270362 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A24,B5
Chr2:27270512 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr2:27270531 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B37
Chr2:27270545 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 1 B104
Chr2:27270545 T TG 1bp_insertion CDS_variant 1 B104
Chr2:27270772 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 8 A24,B103,B126,B131,B34,B5,B71,C9
Chr2:27270822 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B126
Chr2:27271025 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B47

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790625.1
250 aa
N
1
125
250
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 1-137 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 1-182 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790625.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 1 137 1.1e-30 107.6 Protein kinase domain
XP_057790625.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 1 182 1.4e-30 107.2 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934642.1
GGAGAAGAAGTCGCAGTCAAAAGATTGTCAAAAACTTCGGGGCAGGGTCTTGAAGAGTTCAAGAATGAAGTCGTGTTGATTGCCAAGCTTCAACATAGAAACCTCGTCAGGCTTCTTGGATGTTGCATTGAAGAAGAGGAAATGATGCTAATATATGAATACTTACAGAATAAGAGCTTGGATAATTTTGTTTTTGATCAAGATCGAAGGAAAATTTTGACATGGCCTAAGCGCTTTGACATTATCATGGGAATCGCAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007707
ATGATGCTAATATATGAATACTTACAGAATAAGAGCTTGGATAATTTTGTTTTTGATCAAGATCGAAGGAAAATTTTGACATGGCCTAAGCGCTTTGACATTATCATGGGAATCGCAAAGGGACTGCTTTATCTCCACCATGATTCCAGGCTCAAGATTATCCACCGGGATCTCAAAACAAGTAACATTTTACTAGATGCAAGTTTAAATCCAAAAATATCAGACTTTGGCTTAGCAAGAACGTTTGAAGAGGATCAATG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790625.1
MMLIYEYLQNKSLDNFVFDQDRRKILTWPKRFDIIMGIAKGLLYLHHDSRLKIIHRDLKTSNILLDASLNPKISDFGLARTFEEDQCLSRTKRVVGTYGYMAPEYAFHGKFSVKSDIYSLGVVLLEIISGKKIRGFQYNDHHHSLLGHAWMLWKEKSIMKMMDECLMATCVESQVTRCIHVGLLCVQNFAEDRPIMPSVVLMLASDGALLPEPNEPGYYTNGSCSPSRSSKSPCIKSENGTLTFTDLEAR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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