当前解析结果
SmilChr02G001568| 统一新 Gene ID | SmilChr02G001568 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G001568 |
| 描述 | peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP37, chloroplastic |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 29094416 - 29100266 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131013229 |
|---|---|
| GeneID | 131013229 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131013229 |
| 原始查询 | SmilChr02G001568 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP37, chloroplastic |
| 产物 | peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP37%2C chloroplastic |
| Arabidopsis | AT3G15520 (AT3G15520)Cyclophilin-like peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820791] identity=62.9; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os07g0565600 (OsCYP37)- identity=73.3; qcov=0.768; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0000413 (protein peptidyl-prolyl isomerization); GO:0003755 (peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00160 (Pro_isomerase); PF21329 (CYP38_PsbQ-like) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131013229 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057797289.1 |
| 2 | Chloroplast thylakoid | 类囊体 | 1.00000 | XP_057797289.1 |
| 3 | Chloroplast stroma | 叶绿体基质 | 0.40000 | XP_057797289.1 |
| 4 | Chloroplast thylakoid membrane | 类囊体膜 | 0.20000 | XP_057797289.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057797289.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:29096062 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C17 |
Chr2:29096075 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B113,B64 |
Chr2:29096135 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A14,B3,B42,C43,C50 |
Chr2:29097744 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr2:29099382 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | B67 |
Chr2:29099382 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B67 |
Chr2:29099745 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057797289.1PF21329
CYP38_PsbQ-like 125-234 aa
PF00160
Pro_isomerase 287-436 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057797289.1 |
Pfam | PF21329 |
CYP38_PsbQ-like | Domain | 125 | 234 | 1.4e-16 | 61.7 | Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP38-like, PsbQ-like domain |
XP_057797289.1 |
Pfam | PF00160 |
Pro_isomerase | Domain | 287 | 436 | 4.8e-09 | 37.4 | Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。