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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001819

染色体: Chr02 坐标: 33060162-33064277 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001819
名称SmilChr02G001819
描述dol-P-Man:Man(6)GlcNAc(2)-PP-Dol alpha-1,2-mannosyltransferase
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向33060162 - 33064277 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012071
GeneID131012071
locus_tag-
NCBI NameLOC131012071
原始查询SmilChr02G001819

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述dol-P-Man:Man(6)GlcNAc(2)-PP-Dol alpha-1,2-mannosyltransferase
产物dol-P-Man:Man(6)GlcNAc(2)-PP-Dol alpha-1%2C2-mannosyltransferase
ArabidopsisAT1G16900 (EBS3)
Alg9-like mannosyltransferase family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838261]
identity=72.1; qcov=0.996; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0209000
-
identity=69.3; qcov=0.995; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000026 (alpha-1,2-mannosyltransferase activity); GO:0005789 (endoplasmic reticulum membrane); GO:0006487 (protein N-linked glycosylation)
KEGGsmil00510 (N-Glycan biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00513 (Various types of N-glycan biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF03901 (Glyco_transf_22)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012071

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057795963.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057795963.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795963.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795963.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795963.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:33060796 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72
Chr2:33061010 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,B118,B139,B72,B78
Chr2:33061037 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr2:33061079 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,C37
Chr2:33061529 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr2:33061706 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:33062122 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B34,B8,C72
Chr2:33062157 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:33062365 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,B118,B139,B72,B78
Chr2:33062667 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B120,C32,C68,C81,D5
Chr2:33062672 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr2:33062971 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795963.1
569 aa
N
1
284
569
Glyco_transf_22
C
PF03901 Glyco_transf_22 47-449 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795963.1 Pfam PF03901 Glyco_transf_22 Family 47 449 6.4e-112 375.5 Alg9-like mannosyltransferase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939980.1
TTTGAACGGGCGGACTGACATTTCCGCAAGCACAAGGAAAGGCAGAGGAAAAGAAGCATCACTGCTCCAAAAATCGCTGAATTCCTGAAAGAGTAAAGGCGAAAATGGCTCTATCGACGAGGCAGCGCCGCCCCTCGCCGCCGGATCTCCCCACGACGCCGTCCCCTTCTCCCTACTCGAAGCTGGACAAGCCTGATAAGCCGGCCGGCGACGGCGACCAGAGGCTGGGGTGGTTCCTGCCGCTCCTCTCGCTGGCAGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012071
ATGGCTCTATCGACGAGGCAGCGCCGCCCCTCGCCGCCGGATCTCCCCACGACGCCGTCCCCTTCTCCCTACTCGAAGCTGGACAAGCCTGATAAGCCGGCCGGCGACGGCGACCAGAGGCTGGGGTGGTTCCTGCCGCTCCTCTCGCTGGCAGTGCTGCGCTACATGAGCGCCTCATCCAACATAATTCACGACTGTGACGAGGTCTTTAATTACTGGGAGCCCCTCCATTTCCTACTCTACAAGACCGGTTTCCAAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795963.1
MALSTRQRRPSPPDLPTTPSPSPYSKLDKPDKPAGDGDQRLGWFLPLLSLAVLRYMSASSNIIHDCDEVFNYWEPLHFLLYKTGFQTWEYSSQFALRSYLYIIFHNLVGLPASWWFGEDKVRVFYAVRIFLGILSVIADAALVVGLSRKYGKRLASYTLAMLCLASGCFFASTSFLPSSFSMYAMSLSSALYLFDKPAAAVLSAATGVILGWPFSVLAFLPLTIFSLKKRFKHAFLSGVITSLFLVALSAVVDHYYYGKW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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