当前解析结果
SmilChr02G001833| 统一新 Gene ID | SmilChr02G001833 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G001833 |
| 描述 | anaphase-promoting complex subunit 6 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 33347717 - 33354610 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131012083 |
|---|---|
| GeneID | 131012083 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131012083 |
| 原始查询 | SmilChr02G001833 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | anaphase-promoting complex subunit 6 |
| 产物 | anaphase-promoting complex subunit 6 |
| Arabidopsis | AT1G78770 (APC6)anaphase promoting complex 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844213] identity=79.6; qcov=0.536; evalue=0; confidence=medium |
| Rice | Os03g0236966 (OsAPC6)- identity=63.5; qcov=0.984; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005515 (protein binding); GO:0051301 (cell division) |
| KEGG | smil04120 (Ubiquitin mediated proteolysis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00515 (TPR_1); PF07719 (TPR_2); PF12895 (ANAPC3); PF13176 (TPR_7); PF13181 (TPR_8); PF13374 (TPR_10); PF13424 (TPR_12) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131012083 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057795977.1 |
| 2 | Nucleoplasm | 核质 | 0.80000 | XP_057795977.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057795977.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057795977.1 |
| 5 | Vesicle | 囊泡 | 0.40000 | XP_057795977.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:33349110 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C14 |
Chr2:33349338 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A2,C8 |
Chr2:33352183 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B121,C79,C80 |
Chr2:33352613 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C15 |
Chr2:33352647 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr2:33353556 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B97 |
Chr2:33354278 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C60 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057795977.1PF12895
ANAPC3 19-97 aa
PF13181
TPR_8 132-161 aa
PF13176
TPR_7 515-544 aa
PF13374
TPR_10 515-547 aa
PF13424
TPR_12 515-574 aa
PF00515
TPR_1 516-542 aa
PF07719
TPR_2 516-543 aa
PF13181
TPR_8 516-543 aa
PF13176
TPR_7 550-581 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057795977.1 |
Pfam | PF12895 |
ANAPC3 | Repeat | 19 | 97 | 1.5e-22 | 80.4 | Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 3 |
XP_057795977.1 |
Pfam | PF13181 |
TPR_8 | Repeat | 132 | 161 | 8.1e-20 | 69.9 | Tetratricopeptide repeat |
XP_057795977.1 |
Pfam | PF13176 |
TPR_7 | Repeat | 515 | 544 | 2.2e-08 | 34.3 | Tetratricopeptide repeat |
XP_057795977.1 |
Pfam | PF13374 |
TPR_10 | Repeat | 515 | 547 | 1.7e-08 | 34.9 | Tetratricopeptide repeat |
XP_057795977.1 |
Pfam | PF13424 |
TPR_12 | Repeat | 515 | 574 | 1.7e-13 | 51.3 | Tetratricopeptide repeat |
XP_057795977.1 |
Pfam | PF00515 |
TPR_1 | Repeat | 516 | 542 | 5.3e-27 | 93.2 | Tetratricopeptide repeat |
XP_057795977.1 |
Pfam | PF07719 |
TPR_2 | Repeat | 516 | 543 | 2.2e-28 | 96.7 | Tetratricopeptide repeat |
XP_057795977.1 |
Pfam | PF13181 |
TPR_8 | Repeat | 516 | 543 | 8.1e-20 | 69.9 | Tetratricopeptide repeat |
XP_057795977.1 |
Pfam | PF13176 |
TPR_7 | Repeat | 550 | 581 | 2.2e-08 | 34.3 | Tetratricopeptide repeat |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。