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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002003`

染色体: Chr02 坐标: 36185688-36187781 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002003`
名称	SmilChr02G002003
描述	exopolygalacturonase-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	36185688 - 36187781 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012216`
GeneID	`131012216`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012216`
原始查询	`SmilChr02G002003`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	exopolygalacturonase-like
产物	exopolygalacturonase-like
Arabidopsis	`AT1G17150` (AT1G17150) Pectin lyase-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838286] identity=48.5; qcov=0.98; evalue=2.63e-132; confidence=high
Rice	`Os06g0611400` (OsPGL5) - identity=42.6; qcov=1.05; evalue=8.22e-108; confidence=medium
GO	GO:0004650 (polygalacturonase activity); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process)
KEGG	smil00040 (Pentose and glucuronate interconversions - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00295 (Glyco_hydro_28); PF12708 (Pect-lyase_RHGA_epim)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012216

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell wall	细胞壁	0.60000	`XP_057796103.1`
2	Secreted	分泌到胞外	0.60000	`XP_057796103.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057796103.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057796103.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057796103.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:36185887`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,D10
`Chr2:36185895`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B94,C1,C59
`Chr2:36185953`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B112
`Chr2:36185967`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr2:36186242`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B86
`Chr2:36186309`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B59,B64
`Chr2:36186500`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A13,B65,B98
`Chr2:36186726`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,B82
`Chr2:36186761`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A24
`Chr2:36187117`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr2:36187199`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A23
`Chr2:36187211`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B107,B74,C40,C46,C7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796103.1

398 aa

199

398

Pect-lyase_RHGA_epim

Glyco_hydro_28

PF12708 Pect-lyase_RHGA_epim 30-77 aa PF00295 Glyco_hydro_28 58-383 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057796103.1`	Pfam	`PF12708`	Pect-lyase_RHGA_epim	Repeat	30	77	6.3e-12	46.5	Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like
`XP_057796103.1`	Pfam	`PF00295`	Glyco_hydro_28	Repeat	58	383	4e-96	322.6	Glycosyl hydrolases family 28

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940120.1
TTAACAACATTCAAAGAGGTATTAAATTTTCATGACTCTTCATTTGTGTTCCACACATTAAACCTAGGTGCATATATATACATTTGAAAGTTACATATTGTTGTAACATCTCTAAAGAATTAAAATCCTCTACAAGATTTATAAAAAATGGCAATTTTCAACATTTCTTCACGAGTATTTCTCTTGCTCTCGTGCGTAGCCATTGTTGTTACTAGCCATAGCTTGCCGCCCAAATTCTTCAACGTTGCCCGCTATGGAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012216
ATGGCAATTTTCAACATTTCTTCACGAGTATTTCTCTTGCTCTCGTGCGTAGCCATTGTTGTTACTAGCCATAGCTTGCCGCCCAAATTCTTCAACGTTGCCCGCTATGGAGCCATCGGCGATGGCACGACTGACAACTCTCAGGCATTTCTTAAAGCATGGAAAGATGCATGTGCGTATAATGGAAGGAGTAGAGTTTGGATCCCAAATGGGAGATTCTTGGTAGGCTCAGTCTCATTTGAAGGCTCATGCAACGGCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057796103.1
MAIFNISSRVFLLLSCVAIVVTSHSLPPKFFNVARYGAIGDGTTDNSQAFLKAWKDACAYNGRSRVWIPNGRFLVGSVSFEGSCNGSMAFLIKGALVAPTDRSFTDTWIAFRYVTGLTVKGGGTLDGQGQSAWPYNDCKRNPQCKPLPVTLRFDFVRNSRVQNIESINSKSSHFNIFACENMIISHVKLSAPSDSPNTDGIHIGSSSNIKISNSVIGTGDDCVSMVSGSQFIEVNDVACGPGHGISIGSLGRGHEREYVK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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