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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002077

染色体: Chr02 坐标: 37352739-37356435 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002077
名称SmilChr02G002077
描述probable pectinesterase/pectinesterase inhibitor 51
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向37352739 - 37356435 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012274
GeneID131012274
locus_tag-
NCBI NameLOC131012274
原始查询SmilChr02G002077

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable pectinesterase/pectinesterase inhibitor 51
产物probable pectinesterase/pectinesterase inhibitor 51
ArabidopsisAT5G09760 (AT5G09760)
Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor superfamily [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830836]
identity=60.6; qcov=0.94; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0880300 (OsPME7)
-
identity=47.4; qcov=0.955; evalue=3.15e-165; confidence=high
GOGO:0030599 (pectinesterase activity); GO:0042545 (cell wall modification); GO:0046910 (pectinesterase inhibitor activity)
KEGG-
PfamPF01095 (Pectinesterase); PF04043 (PMEI)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012274

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell wall 细胞壁 0.80000 XP_057796173.1
2 Vacuole 液泡 0.40000 XP_057796173.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796173.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796173.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796173.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:37352878 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr2:37353212 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B19
Chr2:37353250 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 3 B12,B127,B23
Chr2:37353250 GT G 1bp_deletion CDS_variant 3 B12,B127,B23
Chr2:37353317 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 5 A22,B32,B37,B6,C63
Chr2:37353317 A AC 1bp_insertion CDS_variant 5 A22,B32,B37,B6,C63
Chr2:37353325 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A15,B58,C20
Chr2:37353502 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C41
Chr2:37354659 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A10,B139
Chr2:37354700 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B3,C64
Chr2:37354714 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 4 B111,B134,B28,C46
Chr2:37354714 A AC 1bp_insertion CDS_variant 4 B111,B134,B28,C46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796173.1
537 aa
N
1
268
537
PMEI
Pectinesterase
C
PF04043 PMEI 31-177 aa PF01095 Pectinesterase 223-531 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796173.1 Pfam PF04043 PMEI Domain 31 177 1.3e-18 68.4 Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor
XP_057796173.1 Pfam PF01095 Pectinesterase Repeat 223 531 2.6e-113 378.4 Pectinesterase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940190.1
ATATCATTTTCACATTAATTTGAAGATTAAATAAGATTACAGGTTGATTACAAAGATTTATTACTAAAGAAAAAGGATATCAAAATGGCGCAGCAAAGCAGAGCTATATTAATCACAATTTAAAGATGGAACAACTCACTCCAATGGCGGCTTTTCTCTCTCTAACTCTCCTCTCTCTTCTCATCGTCCACTCCTCATGCCAACAAGTGCCCAGCATCGTCCATGACGCCTGCAAGGCCTCACGTGACCCGCCGGCATGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012274
ATGGAACAACTCACTCCAATGGCGGCTTTTCTCTCTCTAACTCTCCTCTCTCTTCTCATCGTCCACTCCTCATGCCAACAAGTGCCCAGCATCGTCCATGACGCCTGCAAGGCCTCACGTGACCCGCCGGCATGCGAGGACTGGCTGTCCCGCTCCGGTCACGTGCCGCCCAACGCCACCGCGCTGCAACTCATCCAATCCTCGCTGCAGATCATCTCCGACGATCTCGACAAGGGCAAAGCCATGGTCCAAGACATCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796173.1
MEQLTPMAAFLSLTLLSLLIVHSSCQQVPSIVHDACKASRDPPACEDWLSRSGHVPPNATALQLIQSSLQIISDDLDKGKAMVQDILNSSAGNQNRTAAAQSCLDMVHYSAYRANLVAGALRRREIKDARAWMSGTLGYKYDCWSALKYVNDTSQVVKTMAFFNSTLIGGGSAALAMLVNYDLYGEKTGSWAPVRTERDGFWEPASGSEPGPGGGVPRGLKADVTVCKSGGGCDYDTGRLWVQKAVDKAPSGSGKRFVIW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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