Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002159`

染色体: Chr02 坐标: 38816497-38819602 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002159`
名称	SmilChr02G002159
描述	ras-related protein RABA1f
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	38816497 - 38819602 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012351`
GeneID	`131012351`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012351`
原始查询	`SmilChr02G002159`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ras-related protein RABA1f
产物	ras-related protein RABA1f
Arabidopsis	`AT5G60860` (RABA1f) RAB GTPase homolog A1F [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836207] identity=89.4; qcov=1; evalue=7.16e-145; confidence=high
Rice	`Os09g0327100` (OsRab11C2) - identity=90.7; qcov=0.986; evalue=5.62e-144; confidence=high
GO	GO:0003924 (GTPase activity); GO:0005525 (GTP binding); GO:0005768 (endosome)
KEGG	smil04144 (Endocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00025 (Arf); PF00071 (Ras); PF01926 (MMR_HSR1); PF08477 (Roc)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012351

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	1.00000	`XP_057796263.1`
2	Golgi apparatus	高尔基体	1.00000	`XP_057796263.1`
3	Trans-golgi network	Trans-golgi network	1.00000	`XP_057796263.1`
4	Vesicle	囊泡	1.00000	`XP_057796263.1`
5	Endosome	内体	1.00000	`XP_057796263.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:38816879`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A5,B114,B115,B126
`Chr2:38816891`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr2:38816939`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A24,B31,B50,C86
`Chr2:38816948`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr2:38818408`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B12,C80,D11,D2
`Chr2:38818426`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	4	B12,C80,D11,D2
`Chr2:38818426`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B12,C80,D11,D2
`Chr2:38818461`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B68,C80,D11,D2
`Chr2:38818613`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	D6
`Chr2:38818613`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796263.1

217 aa

108

217

Arf

MMR_HSR1

Roc

Ras

PF00025 Arf 14-142 aa PF01926 MMR_HSR1 15-121 aa PF08477 Roc 15-129 aa PF00071 Ras 15-174 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057796263.1`	Pfam	`PF00025`	Arf	Domain	14	142	3.6e-12	46.8	ADP-ribosylation factor family
`XP_057796263.1`	Pfam	`PF01926`	MMR_HSR1	Family	15	121	5e-07	30.5	50S ribosome-binding GTPase
`XP_057796263.1`	Pfam	`PF08477`	Roc	Domain	15	129	1.5e-35	122.7	Ras of Complex, Roc, domain of DAPkinase
`XP_057796263.1`	Pfam	`PF00071`	Ras	Domain	15	174	1.1e-63	214.3	Ras family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940280.1
GTTTTCGAAGAATAACGACTCAAATGATAAATGGTAAATGGACGAAGTAAAATTTTCCAAGAAACCTCTTGCTACATAATAACGACCTGATCAAAGTACGGAAAATACAAAATGCACAATAATTTGTGTCTTTTAATTTTTTACATTTTTTTTTTGCTTCTAAATATTATAGAGTAAGTTGAGGTTCCTCGAAAATGATTTAGCAATAAATGTAACATTTTATAAATTTGTCATCTGTTCTCAAATCTCAATGCAAAGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012351
ATGGGCGCGTACCGAGCAGAAGATGACTATGATTACTTGTTCAAGGTGGTGCTAATCGGCGATTCCGGCGTCGGAAAATCCAATCTGCTCTCCAGATTCACTCGCAACGAGTTCAGCTTGGAATCCAAGTCCACAATCGGAGTCGAGTTCGCCACTCGGAGCATCCGCGTCGACGAAAAGGTCATTAAGGCTCAGATTTGGGACACCGCTGGCCAGGAACGCTATCGTGCAATCACAAGTGCTTACTACCGTGGAGCTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057796263.1
MGAYRAEDDYDYLFKVVLIGDSGVGKSNLLSRFTRNEFSLESKSTIGVEFATRSIRVDEKVIKAQIWDTAGQERYRAITSAYYRGAVGALLVYDVTRHVTFENVERWLKELRDHTDSNIVIMLVGNKADLRHLRAVSTEDATAFAEREKTFFMETSALESLNVESAFTEVLTQIHGVVSRKALESGDDPAPISKGQTINVGSKDDVSAVKKGGCCSG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器