Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002296`

染色体: Chr02 坐标: 40502866-40506043 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002296`
名称	SmilChr02G002296
描述	PAP-specific phosphatase HAL2-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	40502866 - 40506043 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013399`
GeneID	`131013399`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013399`
原始查询	`SmilChr02G002296`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	PAP-specific phosphatase HAL2-like
产物	PAP-specific phosphatase HAL2-like
Arabidopsis	`AT5G54390` (HL) HAL2-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835527] identity=65.8; qcov=0.849; evalue=2.32e-178; confidence=high
Rice	`Os02g0805500` - identity=68.1; qcov=0.847; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0000103 (sulfate assimilation); GO:0008441 (3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase activity); GO:0046854 (phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process)
KEGG	smil00920 (Sulfur metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00459 (Inositol_P)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013399

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057797455.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.80000	`XP_057797455.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057797455.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057797455.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057797455.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:40503222`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B111,B114,B134
`Chr2:40503222`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B111,B114,B134
`Chr2:40503466`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B8
`Chr2:40504833`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A23
`Chr2:40504953`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C72
`Chr2:40504998`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr2:40505265`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr2:40505675`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A16,C30

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797455.1

451 aa

226

451

Inositol_P

PF00459 Inositol_P 113-445 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057797455.1`	Pfam	`PF00459`	Inositol_P	Family	113	445	5.6e-46	157.9	Inositol monophosphatase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057941472.1
AGGATATACTAAACGGTATCTTTCCCCTCTTAATATTATTTCATTTCTTTTTGTTGGATAATTATTTCAGTTTTACATAATACTGTATAATGATTGCAAATTCATTTTTATTGCAATCAACTCATTAAATAATTATGTCATTTTTTAGGGGGAATTATGCTGAAAATTAATTGAAATAGTTTGGTTTGCATCAAAACACCACACAAACGCAGGCGGCTGTTGAATAAAGAGCAGCTTTTTTGGCTTTTGTTGCCACTCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131013399
ATGCCCATTTCCTCCCCGAATTCAGCCGTCAAAATTCGCCTCCCACGCCCACTGCTGCCATCTTCTTTGCGGAGAAATTCTCCTTCAATTCTCCATCGAAACCTCGTCCTGCCCAACCTATCCATCCACCCATTTTCCCGCCTCCGCTGCACCCAAACGCTCTCCTCCGCCACGGCCCAGAATTGCAGCGTGGAATTCGAGTCCATGGATTTGGAGAAATACGCGCGGGAGCTGGAGGTCGCCGTGAAGGCAGTGCACAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057797455.1
MPISSPNSAVKIRLPRPLLPSSLRRNSPSILHRNLVLPNLSIHPFSRLRCTQTLSSATAQNCSVEFESMDLEKYARELEVAVKAVHMASLLCRRVQDSLIFKSNVHVQSKDDDSPVTVADWSVQATVSWVLSEAFGSENVSIVAEEDVETLSRSDSVGLLDAVAKTVNESLDEAQSFGIRPPAAPLNTSEVLEAISRCNSTGGPTGRFWVLDPVDGTLGFVRGDQYAIALALIEDGEPVLGVLGCPNYPMKKEWLSYQNG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器