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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002760

染色体: Chr02 坐标: 47655880-47663966 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002760
名称SmilChr02G002760
描述probable serine/threonine-protein kinase PBL15
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向47655880 - 47663966 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011790
GeneID131011790
locus_tag-
NCBI NameLOC131011790
原始查询SmilChr02G002760

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable serine/threonine-protein kinase PBL15
产物probable serine/threonine-protein kinase PBL15
ArabidopsisAT1G55200 (AT1G55200)
kinase with adenine nucleotide alpha hydrolases-like domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841963]
identity=35.5; qcov=1.08; evalue=5.63e-108; confidence=medium
RiceOs01g0881966
-
identity=48.8; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011790

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057795613.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057795613.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795613.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795613.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795613.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:47656105 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B3,C12
Chr2:47658181 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A3,B60
Chr2:47658610 TCA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B35
Chr2:47658610 TCA T 2bp_deletion CDS_variant 1 B35
Chr2:47658643 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 1 C41
Chr2:47658643 CA C 1bp_deletion CDS_variant 1 C41
Chr2:47658730 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B74
Chr2:47658730 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B74
Chr2:47658881 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr2:47659789 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B21
Chr2:47659789 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 B21
Chr2:47661913 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C34

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795613.1
604 aa
N
1
302
604
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 318-582 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 318-582 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795613.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 318 582 1.1e-38 133.9 Protein kinase domain
XP_057795613.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 318 582 2.8e-37 129.1 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939630.1
GTATTTGCAATTAGTAGTCAAACTAAAGCTATGTAACATTTGATAATGGCCGAAAAACCAGAAGAAACAGTTCTTCGTCGGTTCTCTCACAGAAGGCTCCTTTGTCTCTTCTTCATTCAGAACTGGACAGCTCCAATAACAAACCCAATGCTGAATATTCTCAGGATTATACCAATATATTCTTCACATATTCCTTAATTTTTAACTCCGCAATCGGCACTGTCAGGGAGATTATGACAGAAATGTTTCTGCTTTTCCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011790
ATGCCTTCTGATATGGAAATCAGTAACAGAGAGATGCGTTCGCGTATTTTGATTGTGTGTGATGCCACTAAAGATCGGAGTATTCATGAATTTAGGCAAACGATTCGTCAAATCCGGATGTGCGGCGGTATCGTGCATCCGGGAGATACAATTAGGGTTTTTGGGGTGCTTCATAAAGTCCTGCATCCCATGGGTTATCGTATGGGAGTGGCTCCTGAGAATTTCCTTGGAGCAACGCATGCCCGTGCAGTGGAAGAAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795613.1
MPSDMEISNREMRSRILIVCDATKDRSIHEFRQTIRQIRMCGGIVHPGDTIRVFGVLHKVLHPMGYRMGVAPENFLGATHARAVEEEVSKKVDMYVGMLQYSAEECEGERVNIEVKITAGTPLRKAIMHEVATSNAAWVIFDRALRKELRYYLKHIPCKAALVLDNFTLKILDHEYSNKETEHFDSKQFYSLSKPVPLPPVSDNENEQSVNTINYHRSMESSDMASSIWPSSFTSNSKEESIVSQNETRPSPNQEESGNT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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