Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002830`

染色体: Chr02 坐标: 48390894-48394818 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002830`
名称	SmilChr02G002830
描述	uncharacterized protein At1g32220, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	48390894 - 48394818 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011856`
GeneID	`131011856`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011856`
原始查询	`SmilChr02G002830`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os04g0403500; species=rice; confidence=high
产物	hit=Os04g0403500; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G32220` (AT1G32220) NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840114] identity=68.5; qcov=0.967; evalue=2.28e-151; confidence=high
Rice	`Os04g0403500` - identity=73.2; qcov=0.99; evalue=6.74e-157; confidence=high
GO	GO:0005739 (mitochondrion); GO:0044877 (protein-containing complex binding); GO:1901006 (GO:1901006)
KEGG	-
Pfam	PF01370 (Epimerase); PF13460 (NAD_binding_10)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011856

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057795717.1`
2	Chloroplast thylakoid	类囊体	1.00000	`XP_057795717.1`
3	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.40000	`XP_057795717.1`
4	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.20000	`XP_057795717.1`
5	Chloroplast thylakoid membrane	类囊体膜	0.20000	`XP_057795717.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:48391194`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B83,B91,C39,D2,D4
`Chr2:48391246`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	D5
`Chr2:48391246`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	D5
`Chr2:48391290`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B131,B26,C5,C83,C86
`Chr2:48391307`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A3,B60
`Chr2:48391498`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C5,C83
`Chr2:48392537`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B105,D5
`Chr2:48393156`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B72
`Chr2:48393489`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A14,A9,D1
`Chr2:48393538`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A14,A9,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795717.1

305 aa

152

305

Epimerase

NAD_binding_10

PF01370 Epimerase 74-179 aa PF13460 NAD_binding_10 78-184 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057795717.1`	Pfam	`PF01370`	Epimerase	Family	74	179	9.2e-08	32.5	NAD dependent epimerase/dehydratase family
`XP_057795717.1`	Pfam	`PF13460`	NAD_binding_10	Domain	78	184	9.1e-10	39.4	NAD(P)H-binding

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939734.1
ACACTAGAATAGAGCAACACAAGTTGAGGCCCAGAAAAGTTTGCAATAAAAAGGACTAGAATTAGAGTGTCGACACGTTATTTCTTTGTCCAGAAAAATAAAATTCAATAAAAACCCAAGTATTTGATGAGCGTGAATGAAGTGAGAGCACAGCTCCTCTCTCCCCAATCCCATGAAGCTTCTTCCCCTCAGAATCTGTGCTAATTCCGCCTTCCAGAGATGACCTCACTTTCCTGCATCGCCTCCTCCTTTTCTGCAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131011856
ATGACCTCACTTTCCTGCATCGCCTCCTCCTTTTCTGCAGCTTCTTCACAATCGACTAGACCCCTCTTTTCCTCCTTTTCCGCCAAGCCGCATTTCGTCGACTTCTCTTACCGTCGATCATGCAGGGTTGGTGTCAAGTGCAGTTACACTGACTCTGGTGTTAGAGAGGATTCAAATATTGGTACTATTGATGTCGTCGCTGATGTTAAGACCGAGCGAGTTGTAGTTCTAGGTGGCAGTGGCTTTGTGGGTTCAGCAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057795717.1
MTSLSCIASSFSAASSQSTRPLFSSFSAKPHFVDFSYRRSCRVGVKCSYTDSGVREDSNIGTIDVVADVKTERVVVLGGSGFVGSAICKAAVSKGIEVISLSRSGRPSYSDAWVDQVTWLTGDVFYANWDEVLPGATTVVSTLGGFGSEEQMQRINGEANIVAVNAAKEFGIPKFILISVHDYNLPSFLLSNGYFSGKRKAESEVLSKYPASGVVFRPGFIYGKRKIDGLEIPLDLIGEPIEKLLNAVQNFTRPLNSLPA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器