Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002959`

染色体: Chr02 坐标: 50122000-50122728 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002959`
名称	SmilChr02G002959
描述	uncharacterized SmilChr02G002959
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	50122000 - 50122728 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009676`
GeneID	`131009676`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009676`
原始查询	`SmilChr02G002959`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822121]; symbol=AT3G25270; hit=AT3G25270; species=arabidopsis; confidence=weak
产物	Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822121]; symbol=AT3G25270; hit=AT3G25270; species=arabidopsis; confidence=weak
Arabidopsis	`AT3G25270` (AT3G25270) Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822121] identity=23.1; qcov=0.967; evalue=9.14e-10; confidence=weak
Rice	`-` -
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity)
KEGG	-
Pfam	PF13456 (RVT_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009676

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057793070.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057793070.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057793070.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057793070.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057793070.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:50122009`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B14
`Chr2:50122012`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	11	A21,A7,B135,B15,B67,B68,C11,C22,C4,C60,C69
`Chr2:50122039`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,B139,B14,C83
`Chr2:50122081`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	68	A1,A10,A13,A15,A16,A2,A22,A23,A5,A7,B1,B101,B104,B109,B110,B112,B117,B122,B126,B128,B131,B132,B133,B136,B15,B19,B26,B4,B49,B55,B56,B57,B58,B61,B65,B72,B74,B88,B89,B9,B93,B95,B96,C1,C14,C19,C27,C29,C30,C34,C47,C48,C5,C51,C58,C62,C67,C71,C72,C74,C76,C77,C78,C82,C85,C86,C87,D1
`Chr2:50122084`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B104
`Chr2:50122084`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr2:50122109`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B4,C27,D3
`Chr2:50122165`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A21,B15,C22,C4
`Chr2:50122182`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A5,B123,B6,B86
`Chr2:50122214`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr2:50122333`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B97
`Chr2:50122345`	`C`	`CAT`	2bp_insertion	frameshift_variant	11	B131,B20,B46,B48,B53,B80,B98,C53,C61,C80,C9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793070.1

242 aa

121

242

RVT_3

PF13456 RVT_3 100-219 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057793070.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	100	219	1.5e-17	64.4	Reverse transcriptase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937087.1
ATGTCTCCTCTGCGATTACAACCTCTTGAGAGTGAGGATCCTTGCTCGATTATTGTTTGGTTTGAGAAAGTTAAAGAAATCCGACAAACTGAAGTGCATGCGATGTTTGCCGCAATCGCTTGGTCGACTTGGTATGCGAGGAATTTACTGGTTTTTCAAGGGAAGGAATTGACTCATGGTGACTGCCTTAATGTTGCCCAAAGAGCTATTTGGACAATTACACCGGTTTGCTCTCCAACTCAATCGCATCCTCCTCGGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009676
ATGTCTCCTCTGCGATTACAACCTCTTGAGAGTGAGGATCCTTGCTCGATTATTGTTTGGTTTGAGAAAGTTAAAGAAATCCGACAAACTGAAGTGCATGCGATGTTTGCCGCAATCGCTTGGTCGACTTGGTATGCGAGGAATTTACTGGTTTTTCAAGGGAAGGAATTGACTCATGGTGACTGCCTTAATGTTGCCCAAAGAGCTATTTGGACAATTACACCGGTTTGCTCTCCAACTCAATCGCATCCTCCTCGGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057793070.1
MSPLRLQPLESEDPCSIIVWFEKVKEIRQTEVHAMFAAIAWSTWYARNLLVFQGKELTHGDCLNVAQRAIWTITPVCSPTQSHPPRLMVSRDGQMKVSCDAALRDGKGSGFGCVLHNVDDVFLGCRYGFRSGAYTCLEDEAMAVFEGIQLCVEQGIRDVIIETDNQTLFWMLHKRDSDLSYLGDTLKKFFEAVDTIPLVAFSWTPREGNAMADRIASFAIDNSVLPVSSSSLPAVLNSLLVE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器