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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003225

染色体: Chr02 坐标: 53502682-53503942 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003225
名称SmilChr02G003225
描述V-type proton ATPase subunit G-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向53502682 - 53503942 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010209
GeneID131010209
locus_tag-
NCBI NameLOC131010209
原始查询SmilChr02G003225

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述V-type proton ATPase subunit G-like
产物V-type proton ATPase subunit G-like
ArabidopsisAT3G01390 (VMA10)
vacuolar membrane ATPase 10 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821130]
identity=55.5; qcov=1; evalue=2.25e-30; confidence=medium
RiceOs04g0601700
-
identity=58.2; qcov=1; evalue=2.18e-39; confidence=medium
GOGO:0016471 (vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex); GO:0046961 (proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism); GO:1902600 (proton transmembrane transport)
KEGGsmil00190 (Oxidative phosphorylation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04142 (Lysosome biogenesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04145 (Phagocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF03179 (V-ATPase_G)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010209

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 0.60000 XP_057793608.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057793608.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057793608.1
4 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057793608.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057793608.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:53502944 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr2:53503240 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,B124,B27
Chr2:53503436 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B72,C74
Chr2:53503445 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C22

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793608.1
110 aa
N
1
55
110
V-ATPase_G
C
PF03179 V-ATPase_G 8-108 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793608.1 Pfam PF03179 V-ATPase_G Coiled-coil 8 108 4.8e-29 101.7 Vacuolar (H+)-ATPase G subunit

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937625.1
ACAAAAAATTTAGATTTTGTGGTCTAGATCCTAAATTTACTATCAAATTATTTAATATTTTATCAGTATTTGTATGATTAAACATTTAAAGAATTGAAAAAACACGATTTGAGAAACAGAATCTACAGTGTGCATCTCACCCGTTCCTCAACATTTTTATTTTTCTCTGGAATTTCTTGAAAGGAAGACAACAACATTTCCTCTGCAAATTTGTAATATTTCAGATTGTTTGAAATTGGGCGATGGATCAAACGAGAGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010209
ATGGATCAAACGAGAGGGCACGGAAGCATTCAAATGCTGCTTAGCGCAGAACATGAAGCTCAGCAGATTGTAGCAGATGCTAGAAATTTGAAACTGGCGCGGCTGAGGCATGCCAAGGAAGAAGCCGACAGGGAAGTCGCCTGCTACAGAGCTCAAATGGAAGCCGACTACCAAAAGAGCCTCTCTGAGTCTTTTGGGAGCTCCGACTCGGTAGTGAAAAGGCTGGAGTCGGAGACAGAGGCGAAGATCAAGAGCTTGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793608.1
MDQTRGHGSIQMLLSAEHEAQQIVADARNLKLARLRHAKEEADREVACYRAQMEADYQKSLSESFGSSDSVVKRLESETEAKIKSLKETAGKVSPEVVKMLLKHIVIVKS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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