Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003405`

染色体: Chr02 坐标: 55223116-55226730 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003405`
名称	SmilChr02G003405
描述	uncharacterized SmilChr02G003405
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	55223116 - 55226730 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010370`
GeneID	`131010370`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010370`
原始查询	`SmilChr02G003405`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	TRAM, LAG1 and CLN8 (TLC) lipid-sensing domain containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840405]; symbol=AT1G35180; hit=AT1G35180; species=arabidopsis; confidence=high
产物	TRAM, LAG1 and CLN8 (TLC) lipid-sensing domain containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840405]; symbol=AT1G35180; hit=AT1G35180; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G35180` (AT1G35180) TRAM, LAG1 and CLN8 (TLC) lipid-sensing domain containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840405] identity=64.9; qcov=0.983; evalue=7.6e-105; confidence=high
Rice	`Os01g0262500` - identity=60.3; qcov=0.944; evalue=3.51e-83; confidence=high
GO	GO:0016020 (membrane)
KEGG	-
Pfam	PF03798 (TRAM_LAG1_CLN8)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010370

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057793850.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	1.00000	`XP_057793850.1`
3	Vesicle	囊泡	0.20000	`XP_057793850.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057793850.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057793850.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:55223313`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr2:55223326`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B42,B43
`Chr2:55223326`	`CA`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B42,B43
`Chr2:55226214`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B53,B68,B71,C45
`Chr2:55226280`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B40,B41,C22
`Chr2:55226349`	`CAT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	4	A5,B59,C29,C6
`Chr2:55226349`	`CAT`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	4	A5,B59,C29,C6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793850.1

232 aa

116

232

TRAM_LAG1_CLN8

PF03798 TRAM_LAG1_CLN8 37-216 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057793850.1`	Pfam	`PF03798`	TRAM_LAG1_CLN8	Domain	37	216	6.1e-23	82.5	TLC domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937867.1
AGACTGTAATTACATACTATGTGATTCAGTGATCGTATGAATGAATAAATTCGCGCTACAATTAGATACAGGTCCACCAACCATACCTGCAAAACAATAATAGAAATTATTAAATGGCTTTGAAATATCCAGAGCATCTTATTTGTTTGTGAAAAAGGCAAAATATGATAATTAGAATTAATTTGAAACTAAAATAAAAACAATATTAACTAAATTTTATTTTTACCCAACGATTCGCAACGGGTCTCGTGACCAGACAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010370
ATGATATATATGGAGGATTATGTTGTTAAGTTGATCGTGTTTAGCGTGGCGGCATGGTCCGCTTTGTTTCTCGCGATCAGGAGAATCGTGTTTCCGAAGCGTTCTTTCGATTTCTGCAACCGCCTTGTTTCCACGGCGCACGCTTTCTTGGCCGTAGCTTTGGCGTCTCTTTCAATTCAAGATTGGAGCTGCCCAGTTTGTCCTTTGGCTTCTAAATCTTCTCCTAACCAGATGCAAACACTTGCTGTAAGTGTGGGATA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057793850.1
MIYMEDYVVKLIVFSVAAWSALFLAIRRIVFPKRSFDFCNRLVSTAHAFLAVALASLSIQDWSCPVCPLASKSSPNQMQTLAVSVGYLIYDLVCCQFDKQVKLDNAVHHLVSIIGGIAGLVYQRCGSEMVAAVCITEISSPFLHSRELLKELGYRGTDLNLAADIAFAVIFTFARILIGGPYLTYVTLSADNPYLIKAMALGLQLVSAFWFYKIARMVIYKLRTRSSSFKTQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器