Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003851`

染色体: Chr02 坐标: 60274602-60276983 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003851`
名称	SmilChr02G003851
描述	probable WRKY transcription factor 7
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	60274602 - 60276983 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010795`
GeneID	`131010795`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010795`
原始查询	`SmilChr02G003851`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable WRKY transcription factor 7
产物	probable WRKY transcription factor 7
Arabidopsis	`AT4G24240` (WRKY7) WRKY DNA-binding protein 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828525] identity=51.5; qcov=1.03; evalue=2.05e-96; confidence=high
Rice	`Os04g0287400` (WRKY51) WRKY transcription factor WRKY51-like [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:4335388] identity=42.2; qcov=1.03; evalue=4.36e-64; confidence=medium
GO	GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding)
KEGG	-
Pfam	PF03106 (WRKY); PF10533 (Plant_zn_clust)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010795

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057794438.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057794438.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057794438.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057794438.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057794438.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:60275216`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B125,B28,B99,D9
`Chr2:60275241`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A9,B102,B4,C84,D3
`Chr2:60275330`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B118
`Chr2:60275386`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A11
`Chr2:60275407`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B107,B140
`Chr2:60275421`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C46
`Chr2:60275445`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B107,B140
`Chr2:60275653`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A11,B107,B140
`Chr2:60275778`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B33,B41
`Chr2:60275804`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B109,B34
`Chr2:60275876`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B51
`Chr2:60276069`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B109,B13,B34,C75,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794438.1

332 aa

166

332

Plant_zn_clust

WRKY

PF10533 Plant_zn_clust 212-259 aa PF03106 WRKY 263-319 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057794438.1`	Pfam	`PF10533`	Plant_zn_clust	Domain	212	259	1.6e-17	64.0	Plant zinc cluster domain
`XP_057794438.1`	Pfam	`PF03106`	WRKY	Domain	263	319	7e-27	94.1	WRKY DNA -binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057938455.1
AATTTTTCTTTTTTAAAATATACCATTATCTATAGAACAATAAAAAAGAAAAATGAACCCTTATCAACACGGAGGTCCTAGCTTTAAAAAGAGTGAACAATGATCTAATTTTACCCTTCGTCCAATCCAACGGCTATTTACTATCCTTTTGACTTTCTGTATCCCCATAATCATCCTCGTGGGTCCCAAACACTATAAAAAAGTTAGTCAATGCTTCTCACTCTCTCTCCAAATCGATGACGTGGGTAAATCTCAATGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010795
ATGGCAGTAGAGCTGATGCGCGGCTACAACTTCACAGCCAAGATGGAAGAAAATGCCGCCCAAGAAGCCGCCGCCGCCGGCCTCCAGAGCGTCGAGAAACTAATCAGATTACTCTCCCACTCCCACCAACAAAACCAGCAGGAGCCCTCCTCCTCCGCCGCCGACTACCAGGCCGTCGCCGATGTCGCCGTTGACAAATTTAAGAAATTCATTTCCCTCCTCGACCGGAGCCGGACCGGCCATGCCCGATTCCGCCGCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057794438.1
MAVELMRGYNFTAKMEENAAQEAAAAGLQSVEKLIRLLSHSHQQNQQEPSSSAADYQAVADVAVDKFKKFISLLDRSRTGHARFRRGPIPNPPQPRPQPKVEPVTEPVGPPPQPPKTEEKEPGSKIYHPTPIQRLPPLPLPHHHHQLIRNGSLERKESTTTINFSSPANSFLSSVTGDTDSLQPSMSSGFQITNLSQVSSGGRPMASTSSFKRKCSSLDDSSAKCGGASSGSRCHCPKKRKSRLKKVVRVPAISMKMADI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器