Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003885`

染色体: Chr02 坐标: 60917473-60924780 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003885`
名称	SmilChr02G003885
描述	glutamate receptor 2.5-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	60917473 - 60924780 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010828`
GeneID	`131010828`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010828`
原始查询	`SmilChr02G003885`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	glutamate receptor 2.5-like
产物	glutamate receptor 2.5-like
Arabidopsis	`AT5G11210` (GLR2.5) glutamate receptor 2.5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830991] identity=30.7; qcov=1; evalue=4.54e-112; confidence=low
Rice	`Os09g0429200` (OsGLR2.2) - identity=30.7; qcov=1.05; evalue=1.16e-119; confidence=low
GO	GO:0005886 (plasma membrane); GO:0015276 (ligand-gated monoatomic ion channel activity); GO:0038023 (signaling receptor activity)
KEGG	-
Pfam	PF00060 (Lig_chan); PF00497 (SBP_bac_3); PF01094 (ANF_receptor)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010828

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057794476.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057794476.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057794476.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057794476.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057794476.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:60922197`	`T`	`TTG`	2bp_insertion	frameshift_variant	4	C44,C47,C62,C70
`Chr2:60922197`	`T`	`TTG`	2bp_insertion	CDS_variant	4	C44,C47,C62,C70
`Chr2:60922387`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C43
`Chr2:60922466`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr2:60922507`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C40
`Chr2:60922530`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B122,C64,C66
`Chr2:60922580`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B122,C64,C66
`Chr2:60922869`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B107,B140
`Chr2:60922869`	`A`	`AT`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B107,B140
`Chr2:60922975`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C43
`Chr2:60923085`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B103,B127
`Chr2:60923185`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B130,B54,B98,C18

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794476.1

826 aa

413

826

ANF_receptor

SBP_bac_3

Lig_chan

PF01094 ANF_receptor 56-325 aa PF00497 SBP_bac_3 417-736 aa PF00060 Lig_chan 519-770 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057794476.1`	Pfam	`PF01094`	ANF_receptor	Domain	56	325	2.6e-33	116.3	Receptor family ligand binding region
`XP_057794476.1`	Pfam	`PF00497`	SBP_bac_3	Domain	417	736	2.3e-10	41.1	Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
`XP_057794476.1`	Pfam	`PF00060`	Lig_chan	Family	519	770	4.5e-18	66.2	Ligand-gated ion channel

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057938493.1
TCCAATTTCTCAATAATTTGCAAGATTTCCTTCAAAAGTGGAGCAAATTATTCTGCTCGGAAATGCATATTCTTCGCATCCTAATATTGTTGTTGTGCTACTTATCGATAGAGTTGGTGGAGTCGACGATCTCATCAAAATCCACAGTATGCCCTGGTCTGCCACGTGGGGCCAATGTGAGCGTTGGAGTAGTGATTGATGAGAGGTCGAGAGTTGGAAAAGAGCAGAAGATAGCCATGAAATTGGCTGTCCAAGATTTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010828
ATGCATATTCTTCGCATCCTAATATTGTTGTTGTGCTACTTATCGATAGAGTTGGTGGAGTCGACGATCTCATCAAAATCCACAGTATGCCCTGGTCTGCCACGTGGGGCCAATGTGAGCGTTGGAGTAGTGATTGATGAGAGGTCGAGAGTTGGAAAAGAGCAGAAGATAGCCATGAAATTGGCTGTCCAAGATTTACGCCATTGTTTGAACTTGGTTTTGCACATCAAAGACTTACATGGGAACTCAGCTCTTGCTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057794476.1
MHILRILILLLCYLSIELVESTISSKSTVCPGLPRGANVSVGVVIDERSRVGKEQKIAMKLAVQDLRHCLNLVLHIKDLHGNSALAASAAMDLMKHKHVDTIVGTLTVDEAAFLSQLKTPLPPIISLSPAASPPPQLPFIQMSHPAAYQIQCVAAIAAHFRWRKLILISQDSTLLSHLSHALQAVGVDSSVAAVPRLQYSQTFIERELKKMIATNHARIFVVMQSSFEFAAILFEKARALGMMERGFVWIVSEEISNLLD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器