Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004262

染色体: Chr02 坐标: 64823659-64827027 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004262
名称SmilChr02G004262
描述enoyl-CoA hydratase 2, peroxisomal-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向64823659 - 64827027 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013010
GeneID131013010
locus_tag-
NCBI NameLOC131013010
原始查询SmilChr02G004262

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述enoyl-CoA hydratase 2, peroxisomal-like
产物enoyl-CoA hydratase 2%2C peroxisomal-like
ArabidopsisAT1G76150 (ECH2)
enoyl-CoA hydratase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843947]
identity=62.6; qcov=1; evalue=4.1e-126; confidence=high
RiceOs09g0544900
-
identity=60.8; qcov=1.01; evalue=1.16e-118; confidence=high
GOGO:0005777 (peroxisome)
KEGG-
PfamPF01575 (MaoC_dehydratas); PF22622 (MFE-2_hydrat-2_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013010

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Peroxisome 过氧化物酶体 1.00000 XP_057796995.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796995.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796995.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796995.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057796995.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:64823875 GTT G 2bp_deletion frameshift_variant 15 A1,A13,B117,B15,B2,B53,B64,B69,B76,B9,C27,C3,C44,C53,C87
Chr2:64825108 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 2 B47,B72
Chr2:64825108 G GT 1bp_insertion CDS_variant 2 B47,B72
Chr2:64825329 GTT G 2bp_deletion frameshift_variant 106 A11,A16,A23,A25,A3,A4,A5,A9,B1,B10,B101,B108,B109,B110,B111,B112,B115,B119,B126,B128,B130,B131,B138,B139,B140,B15,B17,B18,B19,B2,B22,B24,B26,B31,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B45,B48,B5,B50,B52,B53,B57,B60,B61,B63,B66,B67,B68,B7,B70,B72,B73,B76,B8,B86,B89,B91,B93,C10,C11,C15,C16,C18,C19,C2,C23,C26,C30,C33,C35,C39,C42,C46,C48,C49,C5,C50,C55,C57,C60,C64,C66,C67,C69,C72,C73,C76,C78,C79,C81,C84,C86,D11,D2,D4,D5,D7,D8,D9
Chr2:64825350 CAG C 2bp_deletion frameshift_variant 12 A8,B21,B42,B43,B94,C10,C14,C26,C3,C81,C83,C84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796995.1
265 aa
N
1
132
265
MFE-2_hydrat-2_N
MaoC_dehydratas
C
PF22622 MFE-2_hydrat-2_N 3-112 aa PF01575 MaoC_dehydratas 148-251 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796995.1 Pfam PF22622 MFE-2_hydrat-2_N Domain 3 112 6.4e-27 94.6 MFE-2 hydratase 2 N-terminal domain
XP_057796995.1 Pfam PF01575 MaoC_dehydratas Domain 148 251 9.8e-25 87.3 MaoC like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941012.1
AACAACACATATGCAATGGATGATAAGGAGCTGAAATATGTCTACCATCAAGACGGACAGCAATCAATTGAGGTTTTGCCAACATTTGCTAGTTTATTTTCTGTTGCACTTCTGCCATTGATTGAACAGATGCCGGGTTTGGTATTTGATCCTCGCCTTCTATTACATGGGCAACAGTACATCGAGATCTACAAATCTCTTCCTTCTAATGGTTGTATACTAAATAAGGCGACAATTTCTGGGTTGCATGATAAAGGTAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013010
ATGGATGATAAGGAGCTGAAATATGTCTACCATCAAGACGGACAGCAATCAATTGAGGTTTTGCCAACATTTGCTAGTTTATTTTCTGTTGCACTTCTGCCATTGATTGAACAGATGCCGGGTTTGGTATTTGATCCTCGCCTTCTATTACATGGGCAACAGTACATCGAGATCTACAAATCTCTTCCTTCTAATGGTTGTATACTAAATAAGGCGACAATTTCTGGGTTGCATGATAAAGGTAAGTCAGCAGTTCTCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796995.1
MDDKELKYVYHQDGQQSIEVLPTFASLFSVALLPLIEQMPGLVFDPRLLLHGQQYIEIYKSLPSNGCILNKATISGLHDKGKSAVLEVEISSYEKESGVLLCMQRMALYFRGAGGFSKSSQPYSFTKYPSSQTSTYKIPKSQPFAVFEERTHPSQALLYRLSGDYNPLHSDPRVAEVAGFSRPILHGLCTLGFAVRAIINSICRGDQNMIRNITGRFLLHVYPGETLITEMWVEGLRVVYQLKVKERNKAALSGVVTLNR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器