当前解析结果
SmilChr02G004262| 统一新 Gene ID | SmilChr02G004262 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G004262 |
| 描述 | enoyl-CoA hydratase 2, peroxisomal-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 64823659 - 64827027 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131013010 |
|---|---|
| GeneID | 131013010 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131013010 |
| 原始查询 | SmilChr02G004262 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | enoyl-CoA hydratase 2, peroxisomal-like |
| 产物 | enoyl-CoA hydratase 2%2C peroxisomal-like |
| Arabidopsis | AT1G76150 (ECH2)enoyl-CoA hydratase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843947] identity=62.6; qcov=1; evalue=4.1e-126; confidence=high |
| Rice | Os09g0544900- identity=60.8; qcov=1.01; evalue=1.16e-118; confidence=high |
| GO | GO:0005777 (peroxisome) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01575 (MaoC_dehydratas); PF22622 (MFE-2_hydrat-2_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131013010 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Peroxisome | 过氧化物酶体 | 1.00000 | XP_057796995.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057796995.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057796995.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057796995.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057796995.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:64823875 |
GTT |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 15 | A1,A13,B117,B15,B2,B53,B64,B69,B76,B9,C27,C3,C44,C53,C87 |
Chr2:64825108 |
G |
GT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B47,B72 |
Chr2:64825108 |
G |
GT |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | B47,B72 |
Chr2:64825329 |
GTT |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 106 | A11,A16,A23,A25,A3,A4,A5,A9,B1,B10,B101,B108,B109,B110,B111,B112,B115,B119,B126,B128,B130,B131,B138,B139,B140,B15,B17,B18,B19,B2,B22,B24,B26,B31,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B45,B48,B5,B50,B52,B53,B57,B60,B61,B63,B66,B67,B68,B7,B70,B72,B73,B76,B8,B86,B89,B91,B93,C10,C11,C15,C16,C18,C19,C2,C23,C26,C30,C33,C35,C39,C42,C46,C48,C49,C5,C50,C55,C57,C60,C64,C66,C67,C69,C72,C73,C76,C78,C79,C81,C84,C86,D11,D2,D4,D5,D7,D8,D9 |
Chr2:64825350 |
CAG |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 12 | A8,B21,B42,B43,B94,C10,C14,C26,C3,C81,C83,C84 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057796995.1PF22622
MFE-2_hydrat-2_N 3-112 aa
PF01575
MaoC_dehydratas 148-251 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057796995.1 |
Pfam | PF22622 |
MFE-2_hydrat-2_N | Domain | 3 | 112 | 6.4e-27 | 94.6 | MFE-2 hydratase 2 N-terminal domain |
XP_057796995.1 |
Pfam | PF01575 |
MaoC_dehydratas | Domain | 148 | 251 | 9.8e-25 | 87.3 | MaoC like domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。